Кузьмин В.А.химия · биология
Все статьи

Генетические механизмы эволюции онтогенеза и появления эволюционных новшеств

Набор генов у мухи, мыши и человека во многом общий. Родственные гены запускают рост ног у мухи и конечностей у мыши. Ген глаза мыши, перенесённый в муху, вызывает у неё на ноге лишний фасеточный глаз — мушиный, а не мышиный. Отсюда главный вопрос эволюционной биологии развития: если «детали» у животных почти одинаковые, откуда берётся разнообразие форм — от медузы до кита? И как возникает то, чего у предков не было совсем: перо, панцирь черепахи, цветок, крыло летучей мыши?

Ответ, полученный за последние полвека, оказался неожиданным. Новые формы чаще всего возникают не из-за новых генов и не из-за изменения белков, а из-за изменения того, где, когда и сколько работают старые гены. Эволюция переписывает не «детали», а «инструкцию по сборке». В статье — как устроен генетический набор инструментов развития, что такое гены Hox и колинеарность, почему эволюция предпочитает менять энхансеры, какие бывают изменения онтогенеза, как удвоение генов и кооптация создают новшества и как возникли конкретные новшества — от конечностей наземных позвоночных до утраты хвоста у человекообразных обезьян (работа 2024 года).

Это продолжение серии о разделе 6 кодификатора ЕГЭ-2027 (хаб серии). О законах Бэра, биогенетическом законе и эмбриологических доказательствах эволюции — статья «Сравнительно-анатомические, эмбриологические и молекулярные доказательства», о филэмбриогенезах, неотении и удвоениях генома — «Закономерности макроэволюции». В конце — что писать на ЕГЭ, раздел для олимпиад и 15 заданий с разбором.

Что такое эволюция онтогенеза и эволюционное новшество

Онтогенез — индивидуальное развитие организма от зиготы до смерти. Взрослый организм не передаётся по наследству: потомкам передаются гены, а тело каждый раз заново строится в онтогенезе. Поэтому любое наследственное изменение строения — это изменение онтогенеза. Естественный отбор оценивает готовый организм, но материал для отбора поставляют изменения программы развития.

Определения. Эволюционная биология развития (эво-дево, от англ. evolutionary developmental biology) — область биологии, изучающая, как изменения генов, управляющих развитием, приводят к изменению строения организмов в эволюции. Эволюционное новшество — структура или признак, не гомологичный ни одной структуре предков, то есть не являющийся видоизменением уже существовавшего органа. Перо, панцирь черепахи, цветок, глазчатые пятна на крыльях бабочек, плацента — новшества; удлинённая шея жирафа или увеличенный мозг человека — изменения уже имевшихся органов.

Граница между новшеством и видоизменением не всегда резкая. Крыло летучей мыши — видоизменённая передняя конечность, но кожная перепонка между пальцами — новая для млекопитающих структура. Перо возникло из той же закладки кожи, что и чешуя, но устроено принципиально иначе. Поэтому биологи обычно говорят, что новшество — это новый индивидуализированный элемент строения, который развивается и меняется в эволюции как отдельная единица.

Генетика развития ответила на вопрос, из чего строятся новшества. Почти всегда — из старых генов, включённых в новом месте, в новое время или в новой комбинации. Эволюция, по выражению французского биолога Франсуа Жакоба, работает не как инженер, создающий машину по чертежу, а как мастер, который собирает новую вещь из того, что есть под рукой.

От Бэра к эволюционной биологии развития

  1. 1828К. Бэр: законы зародышевого сходства — общие признаки типа появляются у зародыша раньше частных
  2. 1866Э. Геккель: биогенетический закон — «онтогенез есть краткое повторение филогенеза»
  3. 1894У. Бэтсон: гомеозис — превращение одной части тела в другую
  4. 1939А. Н. Северцов: теория филэмбриогенезов — эволюция идёт через изменения онтогенеза
  5. 1942К. Уоддингтон: канализация развития и генетическая ассимиляция
  6. 1946И. И. Шмальгаузен: стабилизирующий отбор и целостность организма в развитии
  7. 1961Ф. Жакоб и Ж. Моно: регуляция работы генов (оперон)
  8. 1977С. Гулд: «Онтогенез и филогенез» — гетерохронии; Ф. Жакоб: эволюция собирает новое из готовых деталей
  9. 1978Э. Льюис: гены комплекса bithorax дрозофилы и их колинеарность
  10. 1980К. Нюсляйн-Фольхард и Э. Вишаус: гены, размечающие тело зародыша мухи
  11. 1984открыт гомеобокс — общий участок генов Hox мухи и позвоночных
  12. 1995ген Pax6 мыши вызывает лишний глаз на ноге мухи; Нобелевская премия Льюису, Нюсляйн-Фольхард и Вишаусу
  13. 1997Н. Шубин, К. Табин, Ш. Кэрролл: «глубокая гомология»
  14. 2010колюшки: утрата тазового пояса — удаление одного энхансера гена Pitx1
  15. 2016энхансер ZRS змей: почему у змей не развиваются конечности
  16. 2024утрата хвоста у человекообразных — вставка Alu в ген TBXT; геном миксины уточнил удвоения генома позвоночных
  • классическая эмбриология
  • эволюционная морфология и синтез
  • генетика развития
  • эволюционная биология развития
Как изучали связь развития и эволюции.

Связь развития и эволюции заметили задолго до генетики. В 1828 году Карл Эрнст фон Бэр сформулировал законы зародышевого сходства: у зародыша сначала появляются признаки типа, потом класса, отряда и лишь затем вида. Зародыши позвоночных на ранних стадиях очень похожи, а различия нарастают к концу развития. Эрнст Геккель в 1866 году истолковал это эволюционно: «онтогенез есть краткое и быстрое повторение филогенеза» (биогенетический закон). Сравнивая зародышей, эволюционисты XIX века восстанавливали родство групп.

Закон Геккеля оказался слишком прямолинейным: зародыш не проходит через взрослые стадии предков, а повторяет лишь некоторые черты зародышей предков. Уже в начале XX века английский зоолог Уолтер Гарстанг сформулировал обратную мысль: онтогенез не повторяет филогенез, а создаёт его. Русский морфолог Алексей Николаевич Северцов развил её в теорию филэмбриогенезов: эволюционные изменения возникают как изменения хода онтогенеза — надставки конечных стадий (анаболии), отклонения на средних стадиях (девиации) и изменения самых ранних зачатков (архаллаксисы). Иван Иванович Шмальгаузен (1946) показал, что стабилизирующий отбор поддерживает устойчивость развития, а англичанин Конрад Уоддингтон (1942) назвал это свойство канализацией.

Но в синтетической теории эволюции середины XX века развитие оставалось «чёрным ящиком»: популяционная генетика изучала частоты аллелей, не спрашивая, как гены строят тело. Положение изменилось, когда генетики занялись мутантами дрозофилы, у которых одна часть тела превращается в другую. В 1978 году Эдвард Льюис описал гены комплекса bithorax, определяющие особенности сегментов груди и брюшка мухи, и заметил, что порядок генов в хромосоме совпадает с порядком сегментов. В 1980 году Кристиана Нюсляйн-Фольхард и Эрик Вишаус нашли гены, размечающие тело зародыша мухи на сегменты. В 1984 году две группы обнаружили у генов Hox общий участок — гомеобокс — и сразу нашли такие же гены у лягушки, мыши и человека. Оказалось, что тело очень разных животных размечают родственные гены. В 1995 году Льюис, Нюсляйн-Фольхард и Вишаус получили Нобелевскую премию по физиологии и медицине.

С 1990-х годов эволюционная биология развития стала самостоятельной областью. Американский биолог Шон Кэрролл сформулировал её главную гипотезу: морфологическая эволюция идёт в основном через изменения регуляторных участков генов, а не самих белков. Новые методы — чтение геномов, редактирование генов системой CRISPR, анализ работы генов в отдельных клетках — позволили проверять эту гипотезу на десятках конкретных признаков, от брюшных шипов колюшки до хвоста человекообразных обезьян.

Генетический набор инструментов развития

Гены, управляющие развитием, делятся на две большие группы. Первая — гены транскрипционных факторов: белков, которые связываются с ДНК и включают или выключают другие гены. Вторая — гены сигнальных путей: белков, через которые клетки сообщают соседям, где они находятся и кем им стать. Вместе их называют генетическим набором инструментов развития. У всех двусторонне-симметричных животных этот набор удивительно сходен, хотя их общий предок жил более 550 млн лет назад.

Ген или семействоЧто это за белокЧто определяетГде сохранился
Hoxтранскрипционные факторы с гомеодоменомособенности участков тела вдоль оси «голова — хвост»все двусторонне-симметричные животные; родственные гены у книдарий
Pax6 (eyeless у мухи)транскрипционный факторразвитие глазмухи, головоногие моллюски, позвоночные, планарии
Distal-less (Dlx)транскрипционный факторвырост наружу: ноги насекомых, плавники и конечности, амбулакральные ножки морских ежейпочти все животные с выростами тела
tinman (Nkx2-5)транскрипционный факторзакладка сердцамуха (спинной сосуд), позвоночные
Sonic hedgehog (Shh)сигнальный белокпередне-задняя ось конечности, нервная трубка, зачатки зубов, перьев и волосдвусторонне-симметричные животные
BMP (dpp у мухи) и их подавитель хордин (sog)сигнальный белок и его антагонистспинно-брюшная осьдвусторонне-симметричные животные
Wnt, Notch, FGFсигнальные путирост, деление на сегменты, судьба клетоквсе многоклеточные животные

Почему такие разные животные пользуются одними и теми же генами? Потому что набор инструментов сложился у общего предка двусторонне-симметричных животных, и его потомки не изобретали новые инструменты, а по-разному использовали старые. Каждый из этих генов работает во многих местах и на многих стадиях развития. Ген Shh нужен и для нервной трубки, и для конечностей, и для зубов. Такое свойство называют плейотропией. Оно объясняет, почему эти гены почти не меняются: мутация в кодирующей части Shh нарушила бы сразу всё, что он делает.

Включается ли ген в данной клетке, определяют его регуляторные участки — энхансеры. Это короткие, обычно в несколько сотен нуклеотидов, участки ДНК, с которыми связываются транскрипционные факторы. У сложного гена развития может быть десяток энхансеров, и каждый включает ген в своём месте зародыша. Энхансер может лежать перед геном, после него, в интроне и даже в другом гене на расстоянии сотен тысяч нуклеотидов: ДНК образует петлю и приближает энхансер к началу гена.

Гены Hox и план строения тела

Гены Hox — самый известный пример генов набора инструментов. Каждый из них кодирует транскрипционный фактор, который сообщает клеткам «адрес» вдоль оси тела: в каком участке они находятся и что там должно вырасти. Сам ген не строит ногу или крыло — он включает каскады генов, которые строят структуры, характерные для данного участка.

Если ген Hox сломан или включается не на своём месте, одна часть тела превращается в другую. Такие мутации называют гомеозисными. У мутанта Antennapedia на голове мухи вместо усиков вырастают ноги: ген, работающий в груди, включился в голове. У мутантов по гену Ultrabithorax третий сегмент груди становится похож на второй, и вместо жужжалец — маленьких булавовидных органов равновесия — у мухи вырастает вторая пара крыльев. Четырёхкрылая муха, которую Льюис получил, сочетая три мутации, напоминает предков двукрылых, у которых было две пары крыльев.

3′5′123′5′343′5′123′5′34
  • 1кластер генов Hox дрозофилы в хромосоме, слева направо: lab, pb, Dfd, Scr, Antp, Ubx, abd-A, Abd-B
  • 2тело мухи от головы к концу брюшка: три участка головы, три сегмента груди, восемь сегментов брюшка; цвет — ген, который определяет особенности сегмента
  • 3один из четырёх кластеров генов Hox мыши: группы 1–13
  • 4позвоночник мыши: 7 шейных, 13 грудных, 6 поясничных, 4 крестцовых и хвостовые позвонки — на рисунке только начало хвоста (упрощённо: цвет самой «задней» из работающих в позвонке групп Hox)

Порядок генов в хромосоме совпадает с порядком участков тела, где они работают: гены у 3′-конца кластера включаются в голове, гены у 5′-конца — в хвостовой части. Это колинеарность. Она сохранилась у мухи и мыши, хотя их общий предок жил более 550 млн лет назад.

Колинеарность генов Hox: порядок генов в хромосоме совпадает с порядком участков тела.

Гены Hox расположены в хромосоме группами — кластерами, и порядок генов в кластере совпадает с порядком участков тела, где они работают. Это свойство называют колинеарностью. У дрозофилы восемь генов Hox; гены, лежащие у одного конца кластера, работают в голове, а у другого — в конце брюшка. У позвоночных, как показало чтение геномов, четыре кластера Hox (у мыши и человека — 39 генов), и колинеарность сохраняется: гены первых групп включаются в задней части головы и шее, гены последних — в крестце и хвосте. Кроме того, гены у «заднего» конца кластера включаются позже — это временна́я колинеарность.

Эволюция планов строения часто связана с изменением областей работы генов Hox, а не их белков. Несколько примеров.

  • Шесть ног насекомых. У ракообразных и многоножек ноги есть и на брюшке. У насекомых белки Hox Ubx и abd-A в брюшке подавляют ген Distal-less, необходимый для роста ноги. Любопытно, что здесь изменился и сам белок: у предков насекомых белок Ubx приобрёл короткий участок, который позволяет ему подавлять Distal-less, а у ракообразных Ubx такой способности не имеет. Это пример того, что меняются не только энхансеры.
  • Ногочелюсти раков. У ракообразных передние грудные ноги часто превращены в ногочелюсти — ротовые конечности. Оказалось, что ногочелюсти развиваются именно в тех сегментах, где не работают гены Ubx и abd-A: область их работы у разных групп раков сдвигалась, и вместе с ней менялось число ногочелюстей.
  • Шея и грудь позвоночных. Граница между шейными и грудными позвонками у разных позвоночных проходит в разных местах — у мыши после седьмого позвонка, у курицы после четырнадцатого, у гуся после семнадцатого, — и всегда совпадает с передней границей работы гена Hoxc6. Сдвиг этой границы в эволюции менял длину шеи.
  • Тело змеи. У змей почти весь позвоночник состоит из грудных позвонков с рёбрами. По данным 1999 года, у зародыша питона гены Hox, определяющие грудь, работают почти по всей длине тела, а гены, определяющие шею и границу груди с поясницей, сдвинуты или выключены.

Глубокая гомология

Глаз мухи и глаз мыши устроены совершенно по-разному: у мухи — фасеточный глаз из сотен омматидиев, у мыши — камерный глаз с хрусталиком. Анатомы считали их классическим примером аналогичных органов, возникших независимо. Но развитие обоих запускает родственный ген: eyeless у мухи и Pax6 у мыши. Если включить ген Pax6 мыши в зачатке ноги дрозофилы, на ноге вырастает лишний глаз, причём фасеточный — мушиный. Это показала в 1995 году группа швейцарского генетика Вальтера Геринга. Ген мыши лишь отдал команду «здесь глаз», а строили глаз мушиные гены, подчинённые этой команде.

Такие случаи назвали глубокой гомологией: органы, которые не гомологичны как структуры, строятся с помощью гомологичных генов и генных сетей, унаследованных от общего предка. Скорее всего, у общего предка мухи и мыши уже были светочувствительные клетки, развитие которых запускал предшественник Pax6, и на этой основе в разных линиях независимо выросли разные глаза. Сердце мухи и сердце позвоночного закладываются под действием родственных генов tinman и Nkx2-5; ноги насекомых, конечности позвоночных и даже выросты тела морских ежей начинают расти, когда включается ген Distal-less.

Перевёрнутое животное. В 1822 году французский зоолог Этьен Жоффруа Сент-Илер заметил, что у членистоногих нервная цепочка лежит на брюшной стороне, а сердце — на спинной, а у позвоночных — наоборот, и предположил, что позвоночное — это «перевёрнутое» членистоногое. Над ним смеялись полтора века. В 1990-х годах выяснилось, что спинно-брюшную ось у мухи и лягушки задают одни и те же белки: сигнальный белок BMP (у мухи — Dpp) и его подавитель хордин (у мухи — Sog). Только у мухи BMP работает на спинной стороне, а у позвоночных — на брюшной, а нервная система закладывается там, где хордин подавляет BMP. Ось действительно перевёрнута.

Глубокая гомология меняет представление об аналогичных органах. Классическое противопоставление сохраняется: глаз мухи и глаз мыши — аналогичные органы, они не происходят от одного органа предка. Но генетические программы, которыми они построены, гомологичны. Поэтому при сходных потребностях эволюция в разных линиях часто «берёт» одни и те же гены.

Почему эволюция меняет регуляцию генов

Если гены набора инструментов почти одинаковы у разных животных, различия должны создаваться иначе. Главная гипотеза эволюционной биологии развития: морфология меняется в основном через мутации в энхансерах. Довод простой. Белок гена развития работает во многих тканях, и мутация в кодирующей части меняет его работу везде — скорее всего, во вред. А энхансеров у гена много, каждый отвечает за своё место. Мутация в одном энхансере меняет работу гена только в одной части тела и не трогает остальные. Энхансеры позволяют менять признаки по одному — модульно.

Лучший пример — трёхиглая колюшка. Морские колюшки носят костные пластины по бокам тела и тазовый пояс с острыми брюшными шипами — защиту от хищных рыб. После отступления ледника около 10–20 тысяч лет назад морские колюшки заселили тысячи озёр Северной Америки и Европы. Во многих озёрах, где нет хищных рыб, но есть хищные личинки стрекоз, хватающие рыбу за шипы, колюшки независимо утратили тазовый пояс.

1212
  • 1морская колюшка: работают все энхансеры, ген Pitx1 включается во всех трёх местах
  • 2пресноводная колюшка: энхансер тазового пояса удалён — нет таза и брюшных шипов, а гипофиз и челюсти развиваются нормально
  • энхансер, включающий ген: гипофиз
  • энхансер, включающий ген: челюсти и зубы
  • энхансер, включающий ген: зачаток тазового пояса
  • сам ген Pitx1; стрелка — начало транскрипции

Белок Pitx1 у обеих форм одинаков. Изменился только один «выключатель» — участок ДНК, который включает ген в одном месте зародыша. Поэтому мутация убрала таз, не задев остальные функции гена.

Утрата тазового пояса у озёрных колюшек: удалён один энхансер гена Pitx1, а не сам ген.

Ген, отвечающий за утрату таза, нашли в 2004 году: это Pitx1, ген транскрипционного фактора. Белок Pitx1 у озёрных колюшек не изменён. В 2010 году выяснилось, что у них удалён небольшой участок ДНК перед геном — энхансер, включающий Pitx1 в зачатке тазового пояса. В других местах — в гипофизе, во рту — ген работает нормально. Полное выключение Pitx1 у мыши смертельно, а удаление одного энхансера убрало только таз. Удаление этого энхансера происходило независимо во многих озёрах: участок ДНК легко ломается, и каждый раз отбор подхватывал полезную потерю.

Похожие истории известны для многих признаков.

  • Пятно на крыле мушки. У самцов Drosophila biarmipes на кончике крыла тёмное пятно, которое они показывают самкам. Пигмент синтезирует белок гена yellow, который есть у всех дрозофил. У этого вида в энхансере гена появились места связывания транскрипционных факторов, и ген включился в кончике крыла. У других видов дрозофил пятна возникали и терялись независимо — каждый раз через изменения энхансеров одних и тех же генов.
  • Ноги змей. Ген Shh в зачатке конечности включает энхансер ZRS, лежащий почти за миллион нуклеотидов от гена. Точечные мутации в ZRS у человека вызывают многопалость. В 2016 году американские генетики заменили ZRS мыши на ZRS питона, и у мышей выросли лишь короткие остатки конечностей. У змей в ZRS накопились мутации, в том числе выпадение 17 нуклеотидов; когда их «вернули», энхансер змеи снова стал работать. Сам ген Shh у змей цел: он нужен для мозга, зубов и других органов.
  • Ветвистость кукурузы. Дикий предок кукурузы — теосинте — сильно ветвится. У кукурузы ген teosinte branched1 (tb1), подавляющий рост боковых побегов, работает сильнее, и растение растёт одним стеблем с крупными початками. Причина — мобильный элемент, встроившийся в регуляторную область примерно за 60 тысяч нуклеотидов до гена. Он существовал в популяциях теосинте ещё до одомашнивания, и древние земледельцы, сами того не зная, отобрали растения с ним.
  • Переваривание молока у взрослых. У большинства млекопитающих ген лактазы выключается после окончания молочного вскармливания. У многих европейцев замена одного нуклеотида в энхансере, лежащем внутри соседнего гена MCM6, оставляет ген включённым всю жизнь. Сам фермент лактаза не изменился.

Важно не преувеличивать. Изменения белков тоже участвуют в эволюции строения: пример — белок Ubx насекомых. Особенно часто меняются белки, работающие в одном месте: ферменты синтеза пигментов, рецепторы, белки мембран. Окраска шерсти мышей, живущих на светлом песке, связана с заменами аминокислот в рецепторе меланокортина MC1R. В 2007 году эволюционисты Хопи Хекстра и Джерри Койн собрали известные тогда случаи и показали, что изменения белков встречаются в адаптациях не реже изменений энхансеров, а доказательства ведущей роли энхансеров ещё скудны. С тех пор примеров с энхансерами накопилось много, особенно для формы тела, но спор о доле тех и других не закончен, но общее правило таково: чем плейотропнее ген, тем вероятнее, что его эволюция идёт через регуляторные участки.

Как меняется онтогенез: время, место, количество, продукт

Изменения онтогенеза удобно делить по тому, что именно изменилось в работе генов. Английский биолог Уоллес Артур предложил четыре категории.

Тип измененияЧто меняетсяПример
Гетерохрониявремя или скорость развития части теланеотения аксолотля; долгий рост мозга у человека; опережающее развитие передних лап у сумчатых
Гетеротопияместо, где работает генперепонки между пальцами у утки и летучей мыши; рёбра черепахи растут не вниз, а в кожу спины
Гетерометрияколичество продукта генабольше белка BMP4 в зачатке клюва — глубокий и широкий клюв вьюрков
Гетеротипиясам продукт гена (белок)белок Ubx насекомых подавляет рост ног на брюшке

Гетерохронии. Этот термин ввёл ещё Геккель, а популярным его сделал Стивен Гулд. Неотения — размножение на личиночной стадии. Мексиканский аксолотль — личинка амбистомы, которая живёт в воде с наружными жабрами и размножается, не проходя метаморфоза. У него мало гормона щитовидной железы, тироксина, запускающего метаморфоз у земноводных. Если добавить в воду тироксин, аксолотль превращается в наземную амбистому. Обратный процесс — ускорение развития отдельных частей. У сумчатых новорождённый детёныш размером с фасолину должен сам доползти до сумки, и его передние лапы и челюсти развиваются намного раньше задних лап. У человека, по сравнению с шимпанзе, удлинён период роста мозга и всё детство в целом.

Гетеротопии. У зародышей птиц и млекопитающих пальцы сначала соединены перепонкой, которая затем разрушается: в ней работает сигнальный белок BMP, запускающий гибель клеток. У утки в перепонке задних лап включается ген Gremlin, подавляющий BMP, и перепонка сохраняется. Если подавить BMP в лапе зародыша курицы, у неё тоже будет перепончатая лапа. У летучих мышей тот же механизм сохраняет кожную перепонку между удлинёнными пальцами передних конечностей — основу крыла. Панцирь черепахи — тоже гетеротопия: у её зародыша рёбра растут не вниз, охватывая тело, а в стороны, в кожу спины, образуя вместе с кожными костями спинной щит. Поэтому лопатки черепахи оказываются внутри грудной клетки — единственный такой случай среди позвоночных.

Гетерометрия. Форму клюва дарвиновых вьюрков определяют несколько генов. В 2004 году американские биологи показали, что у видов с глубокими и широкими клювами в зачатке клюва больше белка BMP4. Если искусственно повысить количество BMP4 у зародыша курицы, клюв у неё становится глубже и шире. Длину клюва задаёт другой белок — кальмодулин, передающий внутри клетки сигналы ионов кальция. Позже по геномам вьюрков нашли гены ALX1 и HMGA2, варианты которых связаны с формой и размером клюва; аллель HMGA2, уменьшающий клюв, быстро распространился у среднего земляного вьюрка после засухи 2004–2005 годов.

Гетеротипия. Изменение самого белка — более редкий путь для генов развития, но он известен: белок Ubx насекомых, гены рецепторов и ферментов. О гетеротипии чаще говорят, когда новый белок возникает после удвоения гена.

Филэмбриогенезы Северцова получили генетическое объяснение. Анаболии — изменения на поздних стадиях — встречаются чаще всего, потому что поздно работающие гены влияют на меньшее число структур. Архаллаксисы — изменения самых ранних зачатков — редки: ранние стадии связывают всё развитие, и любое изменение в них затрагивает весь организм. Это согласуется с законом Бэра и с так называемой моделью песочных часов: в 2010 году две работы — на рыбе данио и на шести видах дрозофил — показали, что консервативнее всего средние стадии развития (у позвоночных — стадия хвостовой почки, когда закладываются органы), а ранние и поздние стадии меняются сильнее.

Удвоение генов и геномов

Удвоение гена создаёт запасную копию. Одна копия продолжает выполнять старую функцию, и отбор её поддерживает. Вторая копия свободна от этого груза: мутации в ней больше не вредны, и среди них может оказаться полезная. Японско-американский генетик Сусуму Оно в 1970 году предположил, что удвоения генов и целых геномов — главный источник нового генетического материала в эволюции.

Удвоение генанеравный кроссинговер, перенос через РНК (ретрокопия) или удвоение всего генома
Утрата функции
  • Псевдогенодна копия накапливает поломки и перестаёт работать — самый частый исход
  • Примерпсевдогены в кластерах глобиновых генов человека
Новая функция (неофункционализация)
  • Одна копия сохраняет старую работуи поддерживается отбором
  • Другая приобретает новуюмутации в ней больше не вредны и могут оказаться полезны
  • Примеропсины красного и зелёного цвета у приматов; антифриз рыб из гена трипсиногена
Разделение функций (субфункционализация)
  • Каждая копия теряет часть энхансероввместе копии делают то, что делал один ген
  • Обе становятся обязательнымидальше каждая может специализироваться
  • Примергены engrailed у рыбы данио

Идею, что удвоение генов — главный источник нового генетического материала, выдвинул Сусуму Оно (1970). Модель разделения функций предложили А. Форс и М. Линч с соавторами (1999).

Что происходит с генами после удвоения.

Большинство удвоенных генов быстро превращается в псевдогены. Но многие копии сохраняются, и среди них — гены, без которых невозможно было бы появление новшеств.

  • Цветное зрение приматов. У большинства млекопитающих два типа колбочек, у обезьян Старого Света и человека — три. Около 30–40 млн лет назад ген опсина длинноволновых колбочек на Х-хромосоме удвоился, и копии разошлись: одна стала «красной», другая «зелёной». Это позволило различать спелые плоды на фоне листьев. У ревунов — обезьян Нового Света — такое удвоение произошло независимо.
  • Гемоглобины. Гены глобинов позвоночных возникли серией удвоений. Копии разошлись по функциям: миоглобин запасает кислород в мышцах, а гемоглобины плода и взрослого различаются сродством к кислороду, что позволяет плоду получать кислород из крови матери.
  • Гены Hox. У ланцетника один кластер генов Hox, у человека — четыре, у рыбы данио — семь.

Удвоение целого генома — полиплоидия — особенно часто встречается у растений: около 15 % видообразований цветковых связано с полиплоидией, и в истории каждой линии цветковых растений было несколько удвоений генома. У позвоночных, как предположил Оно, геном удвоился дважды. В 2024 году чтение генома миксины уточнило эту картину. Первое удвоение произошло у общего предка всех позвоночных в кембрии, до разделения бесчелюстных и челюстноротых. Второе — только у предков челюстноротых, причём, по-видимому, путём гибридизации двух родственных видов. У предков миног и миксин независимо произошло своё умножение генома. У костистых рыб было третье удвоение, около 320 млн лет назад, а у лососевых — четвёртое. Удвоенные гены сигнальных путей и транскрипционных факторов, по-видимому, помогли появлению новшеств позвоночных — нервного гребня, челюстей, парных конечностей, сложного мозга.

Почему после удвоения сохраняются обе копии, если вторая не нужна? Модель разделения функций (субфункционализации), которую в 1999 году предложили Аллан Форс, Майкл Линч и их соавторы, объясняет это через энхансеры. Пусть у гена два энхансера, и он работает в двух органах. После удвоения каждая копия может потерять один энхансер — такая мутация безвредна, пока другая копия работает. Если одна копия потеряет энхансер первого органа, а другая — второго, обе станут обязательными: каждая отвечает за свой орган. Дальше каждая копия может приспосабливаться к своей работе, не мешая другой. Так, у рыбы данио два гена engrailed-1, и работа единственного гена мыши разделена между ними.

Кооптация: старые гены в новой роли

Кооптация — включение гена или целой генной сети в новую функцию, не связанную с прежней. Это главный путь появления новшеств: новый орган почти никогда не строится новыми генами, а собирается из готовых генных модулей, которые начали работать в новом месте.

  • Кристаллины хрусталика. Хрусталик должен быть прозрачным и плотным, и его заполняют белки-кристаллины. Многие из них — обычные ферменты. У птиц и рептилий δ-кристаллин — это фермент аргининосукцинатлиаза, участвующий в образовании мочевины. У уток ε-кристаллин — фермент лактатдегидрогеназа. Ген стал работать в хрусталике с огромной силой, и фермент приобрёл вторую роль. Американский биолог Иорам Пятигорский назвал это совмещением функций одним геном.
  • Глазчатые пятна бабочек. У многих бабочек на крыльях яркие «глаза», отпугивающие птиц. В центре будущего пятна у гусеницы включаются гены Distal-less, engrailed и другие, которые у всех насекомых участвуют в росте ног и делении крыла на отделы. Генная сеть, размечавшая крыло, была кооптирована для рисунка на нём.
  • Рога жуков-навозников. Рога у самцов Onthophagus растут из головы и груди и не гомологичны никаким органам предков. В их зачатках работают гены роста ног — Distal-less, dachshund и другие, а различия самцов и самок задаёт ген doublesex.
  • Плацента. Белок синцитин, сливающий клетки наружного слоя плаценты в единый слой, — бывший белок оболочки ретровируса: так вирус сливает свою оболочку с мембраной клетки. У приматов, грызунов, хищных и других групп млекопитающих синцитины произошли от разных ретровирусов, то есть кооптация происходила независимо. Кроме того, в 2011 году показали, что мобильные элементы, распространившиеся по геному у предков плацентарных млекопитающих, принесли энхансеры, которые включили около полутора тысяч генов в клетках слизистой матки во время беременности.

Кооптация объясняет, как сложный орган может появиться быстро: не нужно постепенно создавать сотни новых генов — достаточно, чтобы ключевой ген генной сети начал работать в новом месте, и за ним включится вся подчинённая ему программа. Опыт с глазом на ноге мухи показывает это нагляднее всего.

Откуда берутся новые гены

Совсем новые гены, у которых нет предков среди генов, тоже возникают, хотя и реже, чем изменяются старые. Основные пути таковы.

  • Удвоение и расхождение копий — самый частый путь (см. выше).
  • Ретрокопирование. мРНК гена переписывается обратно в ДНК и встраивается в геном без интронов. Так у некоторых пород собак возникла коротконогость: ретрокопия гена фактора роста FGF4 усилила его работу в растущих костях.
  • Рождение гена из некодирующей ДНК (de novo). Участок «молчащей» ДНК случайно начинает транскрибироваться, и в нём появляется открытая рамка считывания. Такие гены найдены у дрожжей, дрозофил и человека. Яркий пример — антифриз арктической сайки: его ген возник из некодирующей ДНК. А у антарктических нототениевых рыб похожий белок-антифриз возник из гена фермента трипсиногена. Два одинаковых по действию белка возникли разными путями — пример конвергенции на молекулярном уровне.
  • Горизонтальный перенос. У бактерий это обычный путь получения новых генов. У животных он редок, но известен: гены синтеза каротиноидов тли получили от грибов, и у некоторых тлей красная окраска появилась благодаря этим генам.
  • Приручение мобильных элементов и вирусов. Синцитины плаценты; ферменты RAG1 и RAG2, разрезающие и сшивающие гены антител у позвоночных, произошли от фермента мобильного элемента.

Особенно интересны гены, появившиеся только у человека. Гены NOTCH2NL возникли 3–4 млн лет назад при частичном удвоении гена NOTCH2; они продлевают деление клеток-предшественников нейронов в коре мозга (работы 2018 года). Ген ARHGAP11B возник около 5 млн лет назад как неполная копия гена ARHGAP11A, а замена одного нуклеотида изменила вырезание интрона и дала белку новый конец. В 2020 году ген ARHGAP11B встроили в геном зародышей мартышки-игрунки, и их кора стала крупнее и складчатее. Ген SRGAP2C — тоже человеческая копия — увеличивает число синапсов на нейронах коры.

Кроме новых генов у человека есть новые регуляторные участки. Участки генома, очень консервативные у других млекопитающих, но быстро менявшиеся в линии человека, назвали ускоренными у человека участками (HAR). Многие из них — энхансеры, работающие в развивающемся мозге. Энхансер HACNS1 включает гены в зачатке кисти и запястья, а у шимпанзе его аналог такой активности почти не имеет — возможно, это связано с эволюцией руки. Важны и потери: в 2023 году исследовали около 10 тысяч участков, консервативных у других млекопитающих, но утраченных у человека (их назвали hCONDEL), и нашли среди них энхансеры генов нервной системы.

Как возникли известные новшества

Плавник и конечность

Конечность наземных позвоночных возникла из плавника кистепёрых рыб в девоне. Переходные формы — тиктаалик, акантостега, ихтиостега — показывают, как плавник постепенно превращался в лапу. Генетика развития добавила, откуда взялись пальцы. В зачатке конечности гены Hox работают в две фазы: в первую — в плече и предплечье, во вторую — гены Hoxa13 и Hoxd13 на самом конце зачатка, где формируются кисть и пальцы. У рыб вторая фаза работает в той части плавника, где растут костные плавниковые лучи. В 2016 году американские биологи пометили у рыбы данио клетки, в которых работали гены hox13, и оказалось, что из них вырастают плавниковые лучи. Когда гены hox13 выключили, лучи укоротились, а хрящевых косточек у основания плавника стало больше. Значит, пальцы и плавниковые лучи используют одну и ту же генную программу: у предков наземных позвоночных клетки «конца плавника» стали образовывать не лучи, а хрящевые кости — пальцы.

Перо

Перья — новшество динозавров: оперение, сначала нитевидное, было у многих хищных динозавров задолго до птиц. Перо, чешуя рептилий и волос млекопитающих развиваются из сходной закладки — утолщения кожи (плакоды), в которой работают одни и те же сигнальные пути: Shh, BMP, Wnt. Разница в том, как дальше растёт и ветвится закладка. Перо растёт трубкой, которая расщепляется на бородки, и узор ветвления задают те же гены, что размечают другие закладки. Усиление сигнального пути Wnt в коже зародыша курицы превращает чешуйки на лапах в перья.

Панцирь черепахи

Панцирь складывается из расширенных рёбер, позвонков и кожных костей. Ключевое изменение — гетеротопия: рёбра растут в стороны, в кожу спины. Их рост направляет особый валик на боку зародыша, в котором работают гены сигнального пути FGF и Wnt. Ископаемые помогли восстановить последовательность событий: у одонтохелиса (около 220 млн лет назад) уже был брюшной щит, но спинной ещё не сомкнулся, а у паппохелиса (240 млн лет) рёбра лишь расширены.

Утрата хвоста у человекообразных

Утраты — тоже эволюционные события. У человекообразных обезьян и человека нет хвоста, лишь несколько сросшихся позвонков копчика. В 2024 году американские генетики Бо Ся, Итай Янаи и их коллеги нашли, вероятно, одну из причин. Около 25 млн лет назад у предка человекообразных в интрон гена TBXT, необходимого для роста задней части зародыша, встроился мобильный элемент Alu. Он оказался рядом с другим, более древним Alu, направленным в противоположную сторону. При транскрипции две копии образуют в РНК «шпильку», и при сплайсинге один из экзонов вырезается вместе с интроном. Часть белка TBXT получается укороченной. У мышей, у которых создали такой же вариант сплайсинга, хвост был укорочен или отсутствовал. Любопытно, что у этих мышей чаще встречались дефекты нервной трубки: возможно, утрата хвоста имела свою цену. Авторы подчёркивают, что в утрате хвоста могли участвовать и другие гены.

Утрата глаз у пещерных рыб

Мексиканская тетра Astyanax mexicanus живёт в реках и в тёмных пещерах. У пещерных форм глаза закладываются у зародыша, но затем хрусталик погибает, и глаз уходит под кожу. Причина — расширение области работы гена Shh по средней линии зародыша: избыток сигнала Shh вызывает гибель клеток хрусталика. Зато тот же сигнал увеличивает челюсти и число вкусовых почек — полезных в темноте. Возможно, глаза утратились не только потому, что стали бесполезны, но и как побочное следствие отбора на лучшее осязание и вкус.

Узоры на крыльях бабочек

У тропических бабочек геликониусов разные виды, ядовитые для птиц, подражают друг другу рисунком на крыльях — это взаимная мимикрия. Рисунки определяют всего несколько генов: optix — красные пятна, WntA — границы чёрных участков, cortex — жёлтые полосы. У разных видов сходные узоры возникли через изменения энхансеров одних и тех же генов, а иногда нужные варианты переходили от вида к виду при редкой гибридизации. Тот же ген cortex оказался причиной почернения берёзовой пяденицы в промышленной Англии: в 2016 году в его интроне нашли мобильный элемент, встроившийся, по расчётам, около 1819 года.

Эволюция развития растений

У растений свой набор инструментов. Вместо генов Hox развитием органов управляют гены семейства MADS-box, а основу плана строения задают меристемы — участки делящихся клеток на верхушках побега и корня. Самый известный пример — модель ABC развития цветка, которую в 1991 году предложили Энрико Коэн и Эллиот Мейеровиц по мутантам резуховидки и львиного зева.

12341234
  • 1внешний круг: чашелистики — работают гены A
  • 2лепестки — A и B
  • 3тычинки — B и C
  • 4центр цветка: плодолистики (пестик) — C
  • гены класса A (у резуховидки APETALA1, APETALA2)
  • гены класса B (APETALA3, PISTILLATA)
  • гены класса C (AGAMOUS)

Гены A и C подавляют друг друга: где нет A, работает C, и наоборот. Поэтому у мутанта без гена C цветок состоит из повторяющихся кругов чашелистиков и лепестков, а у мутанта без B — только из чашелистиков и плодолистиков.

Модель ABC: какие гены определяют органы в четырёх кругах цветка.

Цветок состоит из четырёх кругов органов, и в каждом работает своя комбинация генов трёх классов: в первом — A (чашелистики), во втором — A и B (лепестки), в третьем — B и C (тычинки), в четвёртом — C (плодолистики). Мутации генов цветка — гомеозисные, как у мухи: у мутанта без генов B вместо лепестков вырастают чашелистики, а вместо тычинок — плодолистики. Позже добавили гены класса E (SEPALLATA), необходимые во всех кругах: без генов A, B, C и E вместо цветка образуются листья. Это подтвердило догадку Гёте (1790), что органы цветка — видоизменённые листья. Цветок — эволюционное новшество покрытосеменных — возник, когда гены MADS-box, работавшие в шишках голосеменных, стали работать по-новому.

Другие примеры. Симметрию цветка определяет ген CYCLOIDEA: у львиного зева он работает на верхней стороне цветка и делает его двусторонне-симметричным. Карл Линней описал в 1744 году форму льнянки с правильным пятилучевым цветком и назвал её пелорией («чудовищем»). В 1999 году выяснилось, что у неё ген, родственный CYCLOIDEA, не мутирован, а выключен метилированием ДНК — это наследуемая эпигенетическая мутация. Форму листа определяют гены KNOX: в зачатках сложных листьев они работают, в зачатках простых — нет. У сердечника, родственника резуховидки, листья сложные из-за гена RCO, который у резуховидки утрачен.

Генные сети, ограничения и канализация

Гены развития работают не поодиночке, а сетями: одни транскрипционные факторы включают другие, те — третьи, и так до генов, белки которых строят клетку. Американские биологи Эрик Дэвидсон и Дуглас Эрвин (2006) предложили различать в таких сетях уровни. Ядро сети — несколько генов, связанных обратными связями и определяющих план строения целого типа; оно почти не меняется сотни миллионов лет, потому что любое его изменение смертельно. Периферия сети — гены, отвечающие за детали, — меняется легко. Это объясняет, почему новые типы животных после кембрия почти не появлялись, а разнообразие внутри типов продолжает расти.

Устройство развития ограничивает возможные изменения. Например, у почти всех млекопитающих семь шейных позвонков — и у мыши, и у жирафа, у которого каждый позвонок длиной около 25 см. Исключения — ленивцы и ламантины. У человека шейное ребро — признак сдвига границы шейного и грудного отделов — часто сопровождается тяжёлыми нарушениями развития и детскими опухолями (это показала нидерландский биолог Фрит Галис в 1999 году): изменения ранних этапов разметки тела затрагивают многие органы сразу, поэтому стабилизирующий отбор удерживает число семь. Такие ограничения развития объясняют, почему некоторые формы встречаются часто, а другие — никогда.

Канализация — устойчивость развития к мутациям и колебаниям среды: разные генотипы дают сходный нормальный фенотип. В 1953 году Уоддингтон воздействовал тепловым шоком на куколок дрозофилы, и у части мух на крыльях не развивалась поперечная жилка. Отбирая таких мух, он через несколько поколений получил линию, у которой жилка не развивалась и без теплового шока. Изменчивость была в популяции, но скрыта канализацией; тепловой шок её проявил, а отбор закрепил. Это назвали генетической ассимиляцией. В 1998 году Сьюзан Линдквист и Сюзанна Рутерфорд нашли один из механизмов канализации: белок теплового шока Hsp90 помогает сворачиваться многим белкам развития и «прячет» слабые мутации. Когда Hsp90 не хватает, например при стрессе, скрытая изменчивость проявляется. У пещерной тетры в 2013 году показали, что пониженная работа Hsp90 в бедной солями пещерной воде проявляет изменчивость размера глаз, на которую может действовать отбор.

Способность к эволюции (эволюционируемость) тоже зависит от устройства развития. Модульность — разделение организма на блоки, которые развиваются относительно независимо, — позволяет менять одну часть тела, не ломая остальные. Модульные энхансеры — генетическая основа этой модульности.

Удивительные факты

  • Белок Hox мыши, включённый в зародыше дрозофилы не на своём месте, вызывает у мухи те же превращения частей тела, что и родственный белок самой мухи: за 550 млн лет его функция почти не изменилась.
  • Энхансер ZRS, включающий ген Shh в конечности, лежит внутри другого гена (LMBR1) почти в миллионе нуклеотидов от Shh.
  • У куриц-мутантов talpid2 на клюве у зародыша закладываются зубы, похожие на зубы крокодилов. Гены построения зубов у птиц частично сохранились, хотя зубов у их предков нет более 100 млн лет: изменилась регуляция.
  • Колюшки в разных озёрах утратили тазовый пояс независимо, но через удаление одного и того же энхансера. Эволюция часто идёт по одним и тем же «легко ломающимся» участкам ДНК.
  • У жирафа и мыши по семь шейных позвонков, а у ленивцев — от пяти до десяти, в зависимости от вида.
  • Около 8 % генома человека — остатки ретровирусов, и некоторые из них стали необходимыми, как синцитины плаценты.
  • Дефекты нервной трубки, по данным работы 2024 года, могли быть частью «платы» за утрату хвоста у предков человека.
  • У морской звезды, как показало исследование 2023 года, почти по всей поверхности тела работают гены, которые у других животных размечают голову, а гены туловища почти не работают: по работе генов тело морской звезды похоже на голову без туловища.

Что пока не решено

  • Какую долю эволюции строения дают энхансеры, а какую — белки. Для формы тела энхансеры явно важнее, но точных оценок нет.
  • Как возникают совсем новые органы. Кооптация объясняет, откуда берутся гены, но как новый орган становится самостоятельной единицей со своей генной сетью, понятно гораздо хуже. Например, о происхождении крыльев насекомых спорят: работы 2010-х годов на мучном хрущаке поддерживают гипотезу, что крыло возникло слиянием выростов спинки и боковых частей сегмента.
  • Можно ли предсказать, какие гены будет использовать эволюция. Повторяемость случаев с Pitx1, cortex и yellow показывает, что некоторые гены и энхансеры служат «горячими точками», но общей теории нет.
  • Роль эпигенетики и пластичности развития. Сторонники «расширенного эволюционного синтеза» считают, что изменения развития в ответ на среду могут направлять эволюцию, а генетические изменения лишь закрепляют их. Большинство эволюционистов считают, что это укладывается в существующую теорию.
  • Какие гены сделали человека человеком. Найдены десятки кандидатов — NOTCH2NL, ARHGAP11B, участки HAR, — но как они вместе меняют мозг и поведение, ещё предстоит понять.

Что писать на ЕГЭ

В кодификаторе ЕГЭ-2027 «генетические механизмы эволюции онтогенеза» входят в элемент 6.3 «Макроэволюция и её доказательства» и набраны курсивом: отдельными заданиями они не проверяются. Но эти знания помогают в линиях 17, 20 и 26, где спрашивают о гомологичных и аналогичных органах, рудиментах и атавизмах, эмбриологических доказательствах эволюции, закономерностях макроэволюции. Опорные формулировки:

  • Онтогенез определяется генами; наследственные изменения строения — это изменения онтогенеза, вызванные мутациями генов, управляющих развитием.
  • Гены, управляющие развитием (например, гены Hox), сходны у разных животных, что доказывает их родство и общее происхождение.
  • Мутации генов Hox вызывают превращение одной части тела в другую (гомеозисные мутации), например ноги на месте усиков у дрозофилы.
  • Атавизмы (хвост у человека, многососковость, зубы у зародышей птиц) объясняются тем, что гены, определявшие признаки предков, сохранились в геноме; изменилась регуляция их работы, и при её нарушении признак проявляется.
  • Рудименты сохраняются, потому что в развитии их закладка ещё связана с другими структурами или выполняет второстепенную функцию.
  • Сходство зародышей объясняется общими генами, управляющими ранним развитием; на ранних стадиях изменения затрагивают весь организм и поэтому редко сохраняются отбором.
  • Новые признаки чаще возникают через изменения работы старых генов (где, когда и сколько ген работает), через удвоения генов и использование старых генов в новой функции.

Ловушки. 1) Глаз мухи и глаз человека — аналогичные органы, хотя запускаются гомологичными генами: глубокая гомология касается генов, а не органов. 2) Атавизм — не возврат мутацией к «утраченному гену»: гены не были утрачены, изменилась их регуляция. 3) Биогенетический закон не означает, что зародыш человека проходит стадию «взрослой рыбы»: зародыш повторяет черты зародышей предков. 4) Гомеозисная мутация меняет «адрес» участка тела, а не создаёт новый орган с нуля: на месте усиков вырастает нога, уже имевшаяся у мухи. 5) Неотения — размножение на личиночной стадии, а не просто замедленный рост.

Для тренировки — тема 6.3 в тренажёре ЕГЭ по биологии.

Для олимпиад

Задний ген главнее

Если в одном сегменте работают несколько генов Hox, особенности сегмента обычно определяет самый «задний» из них (ген, лежащий ближе к 5′-концу кластера), подавляя действие более передних. Это правило называют превосходством задних генов (posterior prevalence). Отсюда предсказания: при выключении заднего гена сегмент приобретает особенности более переднего (третий сегмент груди становится вторым у мутанта Ubx); при включении заднего гена в передних сегментах они становятся похожи на задние.

Цис или транс: опыт с гибридами

Различие в работе гена между двумя видами может быть вызвано изменением его собственного энхансера (цис-изменение) или изменением транскрипционных факторов, которые на него действуют (транс-изменение). Проверить это можно на гибридах. В клетках гибрида F1 обе аллели гена — от одного и от другого вида — находятся в одном ядре и в окружении одних и тех же транскрипционных факторов. Если аллели работают с разной силой, значит, различие заложено в них самих — в цис-участках. Если в гибриде аллели работают одинаково, а у родителей различались, различие вызвано транс-факторами. На логарифмической шкале доля цис-изменений равна log(отношения аллелей в гибриде) / log(отношения работы гена у родителей). Так в 2004 году американская исследовательница Патриция Витткопп показала, что различия между видами дрозофил чаще вызваны цис-изменениями, а в 2008 году — что внутри вида больше доля транс-изменений.

Тест на комплементацию

Если два мутантных фенотипа (например, слепота у пещерных рыб из двух пещер) вызваны рецессивными мутациями, их скрещивание показывает, затронут ли один и тот же ген. Если у гибридов F1 признак нормальный, мутации в разных генах (они комплементируют друг друга); если признак мутантный, ген один. Для пещерных тетр в 2008 году показали, что у гибридов рыб из разных пещер глаза развиты лучше, чем у родителей: глаза утрачивались независимо, разными мутациями.

Модель разделения функций в цифрах. Пусть у гена два энхансера, и все повреждения — поломка любого из энхансеров или кодирующей части — равновероятны; вредные повреждения отбор удаляет. После удвоения первая же поломка безвредна. С вероятностью 2/6 = 1/3 она попадает в кодирующую часть одной из копий — копия становится псевдогеном. С вероятностью 2/3 она выводит из строя энхансер одной копии. Из следующих безвредных поломок (их три: кодирующая часть той же копии, второй энхансер той же копии, «другой» энхансер второй копии) только последняя делает обе копии обязательными. Итого вероятность разделения функций 2/3 · 1/3 = 2/9, или около 22 %. Чем больше у гена независимых энхансеров, тем вероятнее сохранение обеих копий — это и объясняет, почему у позвоночных сохранилось так много копий генов развития после удвоений генома.

Задания с разбором

Задания 1–9 — в формате ЕГЭ (с элементами ответа для линии 26), 10–15 — олимпиадные.

Задание 1

Выберите три верных утверждения о генах Hox.

  1. Гены Hox кодируют транскрипционные факторы.
  2. Гены Hox есть только у членистоногих.
  3. Порядок генов Hox в хромосоме соответствует порядку участков тела, где они работают.
  4. Мутации генов Hox могут превратить одну часть тела в другую.
  5. Гены Hox кодируют структурные белки мышц и костей.
  6. У человека один кластер генов Hox.
Разбор

Ответ: 134. Гены Hox есть у всех двусторонне-симметричных животных, в том числе у позвоночных (2 неверно). Они кодируют не структурные белки, а транскрипционные факторы, включающие другие гены (5 неверно). У человека четыре кластера Hox (6 неверно).

Задание 2

Установите соответствие между примерами и типами изменения онтогенеза: 1 — изменение времени развития (гетерохрония), 2 — изменение места работы гена (гетеротопия).

  1. аксолотль размножается, сохраняя личиночные жабры
  2. у утки между пальцами задних лап сохраняется перепонка
  3. рёбра черепахи растут в кожу спины
  4. у человека удлинён период роста мозга
  5. передние лапы новорождённого кенгурёнка развиты гораздо лучше задних
  6. включение гена Pax6 в зачатке ноги вызывает развитие глаза на ноге мухи
Разбор

Ответ: 122112. Неотения аксолотля, долгий рост мозга человека и опережающее развитие передних лап сумчатых — изменения сроков развития. Перепонка утки (ген Gremlin работает в межпальцевой ткани), рёбра черепахи и глаз на ноге мухи — изменения места.

Задание 3

Установите последовательность событий в истории изучения связи развития и эволюции.

  1. открытие гомеобокса у генов мухи и позвоночных
  2. формулировка биогенетического закона Геккелем
  3. законы зародышевого сходства К. Бэра
  4. теория филэмбриогенезов А. Н. Северцова
  5. описание колинеарности генов комплекса bithorax Э. Льюисом
  6. обнаружение причины утраты хвоста у человекообразных в гене TBXT
Разбор

Ответ: 324516. Бэр — 1828 г., Геккель — 1866 г., Северцов — 1910–1930-е гг., Льюис — 1978 г., гомеобокс — 1984 г., TBXT — 2024 г.

Задание 4

Выберите три примера кооптации — использования старых генов в новой функции.

  1. ферменты, работающие как кристаллины хрусталика
  2. белок синцитин плаценты, произошедший от белка оболочки ретровируса
  3. утрата глаз у пещерных рыб
  4. гены роста ног, работающие в зачатках рогов жуков-навозников
  5. сходство строения крыла птицы и крыла бабочки
  6. уменьшение размеров тела островных слонов
Разбор

Ответ: 124. Во всех трёх случаях гены, работавшие в одной роли, стали использоваться в другой: ферменты — как белки хрусталика, вирусный белок — для слияния клеток плаценты, гены роста ног — для роста рогов. Утрата глаз и уменьшение размеров — изменения уже имевшихся признаков; сходство крыльев — аналогия.

Задание 5

Прочитайте текст и выберите три утверждения, которые можно сделать на его основе.

Морские трёхиглые колюшки имеют тазовый пояс с шипами. Во многих озёрах, куда колюшки проникли после отступления ледника, тазовый пояс утрачен. У озёрных рыб белок Pitx1 не изменён, но удалён участок ДНК перед геном, включающий его в зачатке таза. В гипофизе и челюстях ген работает нормально. В разных озёрах удаление этого участка произошло независимо.

  1. Утрата тазового пояса вызвана изменением регуляторного участка ДНК, а не белка.
  2. Ген Pitx1 работает в нескольких органах.
  3. Озёрные колюшки произошли от одной предковой популяции, утратившей таз однажды.
  4. Сходный признак может возникать параллельно в разных популяциях.
  5. Полное выключение гена Pitx1 полезно для озёрных рыб.
  6. Тазовый пояс у озёрных колюшек утрачен из-за модификационной изменчивости.
Разбор

Ответ: 124. По тексту белок не изменён, удалён регуляторный участок (1); ген работает в гипофизе и челюстях (2); удаление произошло независимо в разных озёрах — параллельная эволюция (4). Утверждение 3 противоречит тексту. О полном выключении гена в тексте ничего нет, и оно нарушило бы работу гипофиза и челюстей (5). Изменение наследственное — это мутация, а не модификация (6).

Задание 6

Установите соответствие между органами цветка и классами генов модели ABC, которые в них работают: 1 — только A, 2 — A и B, 3 — B и C, 4 — только C.

  1. лепестки
  2. тычинки
  3. чашелистики
  4. плодолистики
Разбор

Ответ: 2314. Чашелистики (первый круг) — A, лепестки — A и B, тычинки — B и C, плодолистики (центр) — C.

Задание 7

Гены, управляющие развитием, почти одинаковы у мухи и мыши, а строение этих животных совершенно различно. Объясните, за счёт каких изменений генов в основном возникают различия в строении. Почему мутации в регуляторных участках генов развития чаще сохраняются отбором, чем мутации в кодирующих участках?

Разбор

Элементы ответа: 1) различия возникают в основном за счёт изменения регуляции генов — того, где, когда и с какой силой работает ген; 2) регуляцию определяют энхансеры (регуляторные участки ДНК), и у гена развития их много — каждый включает ген в своей части тела; 3) белок гена развития работает во многих тканях (плейотропия), поэтому мутация в кодирующей части нарушает сразу многие процессы и обычно вредна; 4) мутация в одном энхансере меняет работу гена только в одном месте, не затрагивая остальных функций, и может оказаться полезной, поэтому сохраняется отбором.

Задание 8

У зародышей птиц иногда закладываются зачатки зубов, а у человека изредка рождаются дети с хвостовым придатком. Как называют такие признаки? Объясните их появление с позиций генетики развития. Почему эти признаки служат доказательством эволюции?

Разбор

Элементы ответа: 1) это атавизмы — признаки, которые были у далёких предков и проявляются у отдельных особей; 2) гены, определявшие эти признаки у предков (гены развития зубов, гены роста хвостового отдела), сохранились в геноме; 3) у современных видов изменилась регуляция работы этих генов: они выключены или работают иначе; 4) при нарушении регуляции (мутации, нарушения развития) старая программа развития проявляется; 5) сохранение в геноме генов признаков предков доказывает происхождение от этих предков (птиц — от зубастых рептилий, человека — от хвостатых предков).

Задание 9

У змей нет конечностей, но ген Sonic hedgehog, необходимый для их развития, у змей сохранился и работает в других органах. Объясните, какое изменение генома могло привести к утрате конечностей у змей и почему сам ген не утрачен. Какую форму естественного отбора иллюстрирует сохранение гена?

Разбор

Элементы ответа: 1) изменился энхансер — регуляторный участок, включающий ген Shh в зачатке конечности (энхансер ZRS); 2) в нём накопились мутации, и ген перестал включаться в зачатке конечности, поэтому конечность не развивается; 3) сам ген нужен в других органах (мозг, нервная трубка, зубы), поэтому мутации, нарушающие его белок, вредны и удаляются отбором; 4) сохранение гена — результат стабилизирующего отбора.

Задание 10

Используя модель ABC (гены A и C подавляют друг друга, без генов A и C развиваются листовидные органы), предскажите, какие органы будут в четырёх кругах цветка (от внешнего к центру) у мутантов: а) без генов B; б) без генов C; в) без генов A (тогда C работает во всех кругах); г) без генов B и C; д) без генов A, B и C.

Разбор

а) Остаются A в кругах 1–2 и C в кругах 3–4: чашелистики, чашелистики, плодолистики, плодолистики. б) A распространяется на все круги, B — в кругах 2–3: чашелистики, лепестки, лепестки, чашелистики (у настоящего мутанта agamous этот набор повторяется много раз: без гена C цветок не перестаёт расти). в) C во всех кругах: плодолистики, тычинки, тычинки, плодолистики. г) Только A во всех кругах: четыре круга чашелистиков. д) Ни одного гена органов цветка: листовидные органы во всех кругах — цветок превращается в укороченный побег с листьями.

Задание 11

Морскую колюшку с тазовым поясом скрестили с озёрной без тазового пояса. У всех рыб F1 тазовый пояс был. Среди 160 рыб F2 120 имели тазовый пояс, 40 — нет. Определите характер наследования и генотипы. Сколько рыб с тазовым поясом и без него ожидается среди 96 потомков от скрещивания рыбы F1 с озёрной? Почему у рыб без тазового пояса его остатки нередко сохраняются на левой стороне тела, а не на правой?

Разбор

1) Расщепление 120 : 40 = 3 : 1 — моногибридное, наличие таза доминирует: морская рыба PP, озёрная pp, F1 Pp. 2) Анализирующее скрещивание Pp × pp даёт 1 : 1 — 48 рыб с тазовым поясом и 48 без него. 3) Аллель p — это ген Pitx1 без энхансера таза. Остатки таза на левой стороне объясняются тем, что родственный ген Pitx2, работающий в зародыше преимущественно слева (он задаёт асимметрию внутренних органов), частично заменяет Pitx1. Такая асимметрия остатков — признак, по которому можно узнать, что утрата таза вызвана именно Pitx1.

Задание 12

У самцов Drosophila biarmipes на крыле тёмное пятно, у D. melanogaster — нет; ген yellow, кодирующий белок синтеза пигмента, есть у обоих видов. Участок ДНК перед геном yellow D. biarmipes соединили с геном зелёного флуоресцентного белка (GFP) и ввели в геном D. melanogaster. У полученных мух GFP светился в кончике крыла — там, где у D. biarmipes пятно. Какой вывод следует из опыта? Почему для проверки использовали GFP, а не сам ген yellow?

Разбор

1) Участок ДНК перед геном D. biarmipes — энхансер, способный включать ген в кончике крыла даже в клетках D. melanogaster. Значит, транскрипционные факторы, нужные для этого, есть и у D. melanogaster, а различие между видами — в самом энхансере (цис-изменение). 2) GFP — репортёрный ген: он показывает, где работает энхансер, и его белок не путается с собственным белком Yellow мухи; ген yellow у мух уже есть, и его продукт нельзя было бы отличить от введённого.

Задание 13

У гена два независимых энхансера, ген удвоился. Считайте, что любое повреждение — поломка одного из энхансеров или кодирующей части любой копии — равновероятно, а вредные повреждения удаляются отбором. Найдите вероятность того, что обе копии сохранятся благодаря разделению функций, и вероятность того, что одна из копий превратится в псевдоген.

Разбор

1) Первое повреждение безвредно; всего мест 6 (по три в каждой копии). С вероятностью 2/6 = 1/3 повреждена кодирующая часть — копия становится псевдогеном. 2) С вероятностью 2/3 поврежден энхансер одной копии (пусть первый энхансер копии 1). Теперь вредны поломки первого энхансера копии 2 и кодирующей части копии 2 — их удалит отбор. Безвредны три: кодирующая часть копии 1, второй энхансер копии 1 (в обоих случаях копия 1 бесполезна — псевдоген) и второй энхансер копии 2 (разделение функций). 3) Вероятность разделения функций 2/3 · 1/3 = 2/9 ≈ 0,22; вероятность псевдогена 1 − 2/9 = 7/9 ≈ 0,78.

Задание 14

Ген А в крыле вида 1 работает в 8 раз сильнее, чем в крыле вида 2. В гибриде F1 аллель вида 1 работает в 2 раза сильнее, чем аллель вида 2. Ген Б у вида 1 работает в 4 раза сильнее, и в гибриде отношение аллелей тоже 4. Какая доля различия в работе каждого гена вызвана цис-изменениями, а какая — транс-изменениями? Объясните логику опыта.

Разбор

1) В гибриде обе аллели находятся в одном ядре с одинаковыми транскрипционными факторами, поэтому различие аллелей в гибриде отражает только цис-различия. 2) Ген А: доля цис = log 2 / log 8 = 1/3, транс — 2/3: собственный энхансер усиливает работу в 2 раза, а транс-факторы вида 1 — ещё в 4 раза (2 · 4 = 8). 3) Ген Б: log 4 / log 4 = 1 — различие целиком вызвано изменениями в самом гене (энхансере), транс-факторы видов не различаются.

Задание 15

Слепых пещерных тетр из двух пещер скрестили. Все гибриды F1 оказались зрячими. Среди 112 рыб F2 63 были зрячими, 49 — слепыми. Объясните результаты и определите генотипы рыб каждой пещеры. Каким оказался бы F1, если бы слепоту в обеих пещерах вызывала мутация одного гена?

Разбор

1) Зрячий F1 — мутации комплементируют друг друга, значит, слепота в разных пещерах вызвана мутациями разных генов. 2) 63 : 49 = 9 : 7 — комплементарное взаимодействие двух генов: зрение есть только при наличии доминантных аллелей обоих генов (A_B_). 3) Рыбы одной пещеры aaBB, другой AAbb, F1 AaBb. 4) Если бы мутации были в одном гене (aa × aa), все гибриды F1 были бы слепыми. Вывод: глаза у рыб разных пещер утрачивались независимо, разными мутациями — пример параллельной эволюции.

Литература

  • Северцов А. Н. Морфологические закономерности эволюции. М.; Л.: Изд-во АН СССР, 1939.
  • Шмальгаузен И. И. Факторы эволюции (теория стабилизирующего отбора). М.; Л.: Изд-во АН СССР, 1946.
  • Кэрролл Ш. Бесконечные формы прекрасного: новая наука эво-дево. М.: Corpus, 2015.
  • Lewis E. B. A gene complex controlling segmentation in Drosophila // Nature. 1978. Vol. 276. P. 565–570.
  • Halder G., Callaerts P., Gehring W. J. Induction of ectopic eyes by targeted expression of the eyeless gene in Drosophila // Science. 1995. Vol. 267. P. 1788–1792.
  • Shubin N., Tabin C., Carroll S. Deep homology and the origins of evolutionary novelty // Nature. 2009. Vol. 457. P. 818–823.
  • Carroll S. B. Evo-devo and an expanding evolutionary synthesis: a genetic theory of morphological evolution // Cell. 2008. Vol. 134. P. 25–36.
  • Hoekstra H. E., Coyne J. A. The locus of evolution: evo devo and the genetics of adaptation // Evolution. 2007. Vol. 61. P. 995–1016.
  • Chan Y. F. et al. Adaptive evolution of pelvic reduction in sticklebacks by recurrent deletion of a Pitx1 enhancer // Science. 2010. Vol. 327. P. 302–305.
  • Gompel N. et al. Chance caught on the wing: cis-regulatory evolution and the origin of pigment patterns in Drosophila // Nature. 2005. Vol. 433. P. 481–487.
  • Kvon E. Z. et al. Progressive loss of function in a limb enhancer during snake evolution // Cell. 2016. Vol. 167. P. 633–642.
  • Nakamura T. et al. Digits and fin rays share common developmental histories // Nature. 2016. Vol. 537. P. 225–228.
  • Force A. et al. Preservation of duplicate genes by complementary, degenerative mutations // Genetics. 1999. Vol. 151. P. 1531–1545.
  • Xia B. et al. On the genetic basis of tail-loss evolution in humans and apes // Nature. 2024. Vol. 626. P. 1042–1048.
  • Marlétaz F. et al. The hagfish genome and the evolution of vertebrates // Nature. 2024. Vol. 627. P. 811–820.
  • Heide M. et al. Human-specific ARHGAP11B increases size and folding of primate neocortex in the fetal marmoset // Science. 2020. Vol. 369. P. 546–550.
  • Coen E. S., Meyerowitz E. M. The war of the whorls: genetic interactions controlling flower development // Nature. 1991. Vol. 353. P. 31–37.

Обсуждение

Загружаем обсуждение…

Читайте также

Все статьи

Пробный урок — бесплатно

Собеседование и тестирование помогут понять уровень и подобрать программу.

Записаться на пробный урок