Кузьмин В.А.химия · биология
Все статьи

Искусственный синтез гена и конструирование рекомбинантных ДНК

В 1982 году в аптеках появился первый лекарственный белок, сделанный бактерией: инсулин человека. Ген инсулина взяли не из человека — его синтезировали химически, нуклеотид за нуклеотидом, встроили в кольцевую молекулу ДНК бактерии и ввели в кишечную палочку. С тех пор так получают гормоны, вакцины, ферменты, а синтезировать научились уже не отдельные гены, а целые геномы. Основа всего этого — две операции: искусственный синтез гена и конструирование рекомбинантной ДНК.

В этой статье разобрано с самого начала: что такое рекомбинантная ДНК и генная инженерия, как получить нужный ген (выделить из генома, переписать с мРНК, синтезировать химически), какие ферменты служат «ножницами» и «клеем», что такое вектор и плазмида, как соединить ген с вектором, ввести его в клетку, отобрать нужные клоны и заставить ген работать. В кодификаторе ЕГЭ по биологии 2027 года тема входит в элемент 3.7: «Хромосомная и генная инженерия. Искусственный синтез гена и конструирование рекомбинантных ДНК». В конце — что писать на ЕГЭ, раздел для олимпиад и 13 заданий с разбором.

Что такое генная инженерия и рекомбинантная ДНК

Определения. Рекомбинантная ДНК — молекула ДНК, искусственно составленная из фрагментов разного происхождения, например из гена человека и плазмиды бактерии. Генная инженерия — совокупность методов получения рекомбинантных ДНК, их введения в клетки и получения организмов с новыми наследственными свойствами.

В природе гены тоже переходят от одного организма к другому: бактерии обмениваются плазмидами, вирусы переносят куски ДНК хозяина. Генная инженерия делает это направленно. Исследователь сам выбирает ген, сам решает, в какой организм его ввести, и может изменить ген перед этим.

Все методы генной инженерии опираются на то, что генетический код и строение ДНК у всех организмов одинаковы. Поэтому бактерия «читает» ген человека и синтезирует по нему белок человека — если ген подготовлен так, чтобы бактерия могла его прочитать.

Слова, которые понадобятся

  • Ген — участок ДНК, в котором закодирована последовательность аминокислот белка (или молекула РНК). У эукариот в гене чередуются экзоны (кодирующие участки) и интроны (некодирующие вставки, которые вырезаются из РНК при созревании — сплайсинге).
  • Промотор — участок перед геном, к которому присоединяется РНК-полимераза и с которого начинается транскрипция.
  • кДНК (комплементарная ДНК) — ДНК, синтезированная на матрице мРНК; в ней нет интронов.
  • Рестриктаза (рестрикционная эндонуклеаза) — фермент, разрезающий ДНК в участке с определённой последовательностью нуклеотидов (сайте узнавания).
  • ДНК-лигаза — фермент, сшивающий фрагменты ДНК.
  • Вектор — молекула ДНК, способная переносить чужой ген в клетку и размножаться в ней: плазмида, ДНК вируса.
  • Плазмида — небольшая кольцевая молекула ДНК бактерии, существующая отдельно от хромосомы и способная самостоятельно копироваться.
  • Трансформация — поглощение клеткой чужой ДНК. Клон — потомство одной клетки; клонирование гена — получение множества копий клеток с одним и тем же встроенным геном.
  • Экспрессия гена — работа гена: транскрипция и трансляция, в результате которых образуется белок.

Как получить ген

Первый шаг — получить нужный ген в виде отдельного фрагмента ДНК. Для этого есть три пути.

Как получить гентри пути
Выделить из ДНК клетки
  • Рестриктазыразрезают ДНК организма на фрагменты
  • Отбор фрагментапо зонду, по размеру или по признаку, который он даёт
  • Ограничениегены эукариот содержат интроны — бактерия их не вырежет
Переписать с мРНК
  • мРНКвыделяют из клеток, где ген работает: уже без интронов
  • Обратная транскриптазафермент ретровирусов строит на мРНК комплементарную ДНК (кДНК)
  • Вторая цепьДНК-полимераза достраивает вторую цепь кДНК
Синтезировать химически
  • Олигонуклеотидыавтомат синтезирует цепочки по 60–200 нуклеотидов
  • Сборкаперекрывающиеся цепочки соединяют лигазой или в ПЦР
  • Свободаможно задать любую последовательность и удобные кодоны

Затем ген обычно размножают в ПЦР и встраивают в вектор.

Три способа получить ген.

Выделение гена из генома

ДНК клетки разрезают рестриктазами на фрагменты и ищут среди них нужный: по метке-зонду (меченой цепочке, комплементарной гену), по размеру или по признаку, который фрагмент даёт бактерии. Так поступали в 1970-х годах, и для генов бактерий этот путь годится и сейчас. Но гены эукариот часто во много раз длиннее, чем нужно для белка, из-за интронов: ген фактора свёртывания крови VIII человека занимает около 186 тысяч пар нуклеотидов, а кодирующая часть — около 7 тысяч. Бактерия не умеет вырезать интроны, поэтому по такому гену правильного белка не синтезирует.

Обратная транскрипция: кДНК

В 1970 году Говард Темин и Дэвид Балтимор независимо открыли у ретровирусов фермент обратную транскриптазу (ревертазу), который синтезирует ДНК на матрице РНК (Temin, Mizutani, 1970; Baltimore, 1970). Это нарушало прежнее представление, что информация всегда идёт от ДНК к РНК, и стало одним из главных инструментов генной инженерии.

Из клеток, где нужный ген активно работает (например, из клеток поджелудочной железы — для инсулина), выделяют мРНК. Она уже прошла сплайсинг, интронов в ней нет. Обратная транскриптаза строит на мРНК комплементарную цепь ДНК, затем РНК разрушают, и ДНК-полимераза достраивает вторую цепь. Получается двуцепочечная кДНК — копия гена без интронов, которую бактерия может прочитать.

Химический синтез гена

Если известна последовательность аминокислот белка или нуклеотидов гена, ген можно синтезировать химически. Первым это сделал Хар Гобинд Корана: в 1970 году его группа синтезировала ген аланиновой тРНК дрожжей длиной 77 пар нуклеотидов (Agarwal и соавторы, 1970). Работа заняла пять лет: короткие цепочки синтезировали вручную и сшивали лигазой.

Сейчас синтез олигонуклеотидов (коротких одноцепочечных фрагментов) идёт в автоматах фосфорамидитным методом (Beaucage, Caruthers, 1981). Нуклеотиды присоединяются по одному к растущей цепи, закреплённой на твёрдом носителе, в повторяющемся цикле из четырёх химических реакций. На каждом шаге небольшая доля цепей не удлиняется, поэтому длинные цепи получаются с ошибками и в малом выходе; практический предел — около 200 нуклеотидов. Ген собирают из перекрывающихся олигонуклеотидов: они спариваются, и щели заполняет полимераза или сшивает лигаза. Распространённый способ сборки — метод Гибсона: фрагменты с перекрывающимися концами соединяются в одной пробирке смесью трёх ферментов (Gibson и соавторы, 2009).

У химического синтеза есть важное преимущество: можно задать любую последовательность. Генетический код вырожден — большинство аминокислот кодируется несколькими кодонами, и разные организмы предпочитают разные кодоны. При синтезе гена человека для бактерии подбирают кодоны, которые бактерия читает быстро, — это называют оптимизацией кодонов. Можно также убрать неудобные сайты рестрикции, добавить метки для очистки белка, изменить аминокислоты.

Ген можно синтезировать, но нельзя «вычислить» обратно из белка однозначно. По последовательности нуклеотидов белок восстанавливается однозначно, а по белку ген — нет: из-за вырожденности кода одному белку соответствуют миллионы разных последовательностей ДНК. Для химического синтеза это удобно — можно выбрать лучшую.

Синтезируют не только гены. В 2010 году в лаборатории Крейга Вентера синтезировали весь геном бактерии Mycoplasma mycoides — около 1,08 млн пар нуклеотидов — и пересадили его в клетку другого вида; клетка стала размножаться под управлением синтетического генома (Gibson и соавторы, 2010). В 2016 году получили клетку с минимальным синтетическим геномом из 473 генов (Hutchison и соавторы, 2016).

Ножницы и клей: рестриктазы и лигаза

Рестриктазы бактерии используют для защиты от вирусов: фермент разрезает чужую ДНК, а свою бактерия защищает, метилируя те же участки. Первую рестриктазу, режущую ДНК в строго определённом месте, выделил Гамильтон Смит в 1970 году (Smith, Wilcox, 1970); за открытие рестриктаз В. Арбер, Г. Смит и Д. Натанс получили Нобелевскую премию 1978 года.

Сайт узнавания большинства рестриктаз — палиндром длиной 4–8 пар нуклеотидов: последовательность одной цепи, прочитанная от 5′ к 3′, совпадает с последовательностью другой цепи, тоже прочитанной от 5′ к 3′. Например, рестриктаза EcoRI (из кишечной палочки) узнаёт GAATTC.

1. Сайт узнавания EcoRI5'...GAATTC...3' 3'...CTTAAG...5'палиндром: обе цепи читаются одинаково от 5′ к 3′ — GAATTC
2. Разрез5'...G AATTC...3' 3'...CTTAA G...5'фермент режет каждую цепь между G и A; на концах остаются одноцепочечные «хвосты» AATT
3. Липкие концы спариваются5'...GAATTC...3' 3'...CTTAAG...5'хвосты любых двух фрагментов, разрезанных EcoRI, комплементарны; ДНК-лигаза сшивает сахарофосфатный остов

Так фрагмент чужой ДНК встраивают в плазмиду, разрезанную тем же ферментом.

Рестриктаза EcoRI оставляет липкие концы, и любые два фрагмента, разрезанные ею, можно соединить.

Разные рестриктазы режут по-разному. EcoRI режет обе цепи со сдвигом, и на концах фрагментов остаются короткие одноцепочечные участки — липкие концы. Они комплементарны у всех фрагментов, разрезанных одним и тем же ферментом, и поэтому легко спариваются. Другие рестриктазы (например, SmaI, узнающая CCCGGG) режут обе цепи напротив друг друга и оставляют тупые концы; соединять их труднее.

ДНК-лигаза восстанавливает фосфодиэфирную связь между соседними нуклеотидами, сшивая разрывы в сахарофосфатном остове. Так спарившиеся липкими концами фрагменты превращаются в одну непрерывную молекулу. В генной инженерии чаще всего используют лигазу бактериофага T4: она сшивает и липкие, и тупые концы.

ФерментЧто делаетГде его берут
Рестриктазыразрезают ДНК в определённых участкахбактерии
ДНК-лигазасшивает фрагменты ДНКбактериофаг T4, кишечная палочка
Обратная транскриптазасинтезирует ДНК на матрице РНКретровирусы
ДНК-полимеразадостраивает цепи ДНК; в ПЦР размножает генбактерии, в том числе термофильные (Taq-полимераза)
Щелочная фосфатазаснимает фосфат с концов разрезанного вектора, чтобы он не замкнулся сам на себябактерии, кишечник телёнка

Ген перед встраиванием обычно размножают в полимеразной цепной реакции; для этого используют термостабильную Taq-полимеразу. Направленно изменять гены прямо в хромосоме позволяет система CRISPR-Cas9.

Векторы

Отдельный фрагмент ДНК, попав в клетку, не копируется и быстро разрушается. Чтобы ген размножался вместе с клеткой, его встраивают в вектор — молекулу ДНК, которая умеет сама копироваться в клетке-хозяине.

125346
  • 1точка начала репликации (ori): плазмида копируется в бактерии независимо от хромосомы
  • 2ген устойчивости к антибиотику (например, к ампициллину): на среде с антибиотиком выживут только клетки с плазмидой
  • 3полилинкер — участок с сайтами нескольких рестриктаз, куда встраивают чужой ген
  • 4ген-индикатор (например, lacZ′): если в полилинкер встроился ген, он разрушен, и колония белая, а не синяя
  • 5промотор — с него РНК-полимераза бактерии начинает транскрипцию встроенного гена
  • 6кольцевая двуцепочечная молекула ДНК, обычно 3–10 тысяч пар нуклеотидов
Плазмида-вектор для клонирования генов (схема).

Хороший вектор должен иметь: 1) точку начала репликации (ori), чтобы копироваться; 2) маркерный ген, по которому можно отобрать клетки с вектором, — обычно ген устойчивости к антибиотику; 3) уникальные сайты рестрикции, где вектор можно разрезать и вставить ген, не разрушив нужных участков; 4) для получения белка — промотор, с которого будет транскрибироваться встроенный ген. Классический вектор pBR322 (1977) нёс гены устойчивости к ампициллину и тетрациклину (Bolivar и соавторы, 1977); векторы серии pUC добавили полилинкер внутри гена-индикатора lacZ′ (Yanisch-Perron и соавторы, 1985).

ВекторДля каких клетокСколько ДНК вмещает
Плазмидыбактерии, дрожжидо 10–15 тыс. пар нуклеотидов
ДНК бактериофага λкишечная палочкадо ~20 тыс.
Космиды, искусственные хромосомы бактерий (BAC)кишечная палочкаот 40 до 300 тыс.
Искусственные хромосомы дрожжей (YAC)дрожжидо миллиона и больше
Ti-плазмида агробактериирастенияпереносит участок Т-ДНК в хромосому растения
Вирусные векторы (аденовирусы, ретро- и лентивирусы, аденоассоциированные вирусы)клетки животных и человекаот нескольких до десятков тысяч

Конструирование рекомбинантной ДНК шаг за шагом

1. Получить генвыделить из генома, переписать с мРНК (кДНК) или синтезировать химически; размножить в ПЦР
2. Разрезать вектор и генодними и теми же рестриктазами, чтобы концы совпали
3. Соединитьлипкие концы спариваются, ДНК-лигаза сшивает: получается рекомбинантная ДНК
4. Ввести в клеткутрансформация бактерий (хлорид кальция и тепловой шок или электрический импульс)
5. Отобрать клонырастут только клетки с плазмидой (антибиотик); белые колонии — со встроенным геном
6. ПроверитьПЦР, рестрикционный анализ, секвенирование вставки
7. Получить продуктклон выращивают в ферментёре; встроенный ген работает, клетки синтезируют белок
Этапы конструирования и клонирования рекомбинантной ДНК.

Ключевой момент — шаг 3. Вектор и ген режут одной и той же рестриктазой (или ферментами, дающими совместимые концы), поэтому их липкие концы комплементарны. При смешивании концы спариваются водородными связями, а лигаза сшивает остов. Получается кольцевая рекомбинантная плазмида со встроенным геном. Если вектор и ген разрезать двумя разными рестриктазами — по одной с каждой стороны, — ген встанет только в одной ориентации; это называют направленным клонированием.

Впервые рекомбинантную ДНК получил Пол Берг в 1972 году, соединив ДНК обезьяньего вируса SV40 и бактериофага λ (Jackson и соавторы, 1972). В 1973 году Стэнли Коэн и Герберт Бойер встроили фрагмент ДНК в плазмиду, ввели её в кишечную палочку и показали, что чужой ген копируется вместе с плазмидой и передаётся потомкам бактерии (Cohen и соавторы, 1973). Эту дату считают рождением генной инженерии.

Как ввести ДНК в клетку

  • Химическая трансформация бактерий. Клетки кишечной палочки обрабатывают холодным раствором хлорида кальция и кратко нагревают до 42 °C (тепловой шок): мембрана становится проницаемой для плазмид (Mandel, Higa, 1970; Cohen и соавторы, 1972).
  • Электропорация — короткий электрический импульс открывает поры в мембране; годится для бактерий, дрожжей, клеток животных и растений.
  • Трансфекция клеток животных — ДНК вводят в комплексе с липидами или с помощью вирусных векторов.
  • Микроинъекция — ДНК вводят тонкой иглой прямо в ядро оплодотворённой яйцеклетки; так получают трансгенных животных.
  • Агробактерия переносит участок своей Ti-плазмиды в хромосому растения; в этот участок встраивают нужный ген.
  • Генная пушка — микроскопические частицы золота, покрытые ДНК, «выстреливают» в клетки растения.

Как отобрать нужные клоны

Трансформация малоэффективна: плазмиду поглощает лишь малая доля клеток, а среди плазмид часть замкнулась без вставки. Поэтому клетки отбирают в два приёма.

  1. Отбор на антибиотике. Бактерии высевают на среду с антибиотиком, например ампициллином. Выживают только клетки, получившие плазмиду с геном устойчивости.
  2. Сине-белый отбор. Если полилинкер лежит внутри гена lacZ′, то вставка гена разрушает его. На среде с бесцветным веществом X-gal колонии с целым геном lacZ′ становятся синими (фермент β-галактозидаза расщепляет X-gal до синего красителя), а колонии с рекомбинантной плазмидой остаются белыми.

Белые колонии проверяют: выделяют плазмиду и определяют длину вставки рестрикционным анализом или ПЦР, а последовательность — секвенированием.

Как заставить ген работать

Ген в плазмиде ещё не значит белок. Чтобы ген эукариот работал в бактерии, нужно учесть различия в устройстве генов (Glick, Patten, 2022).

  • Интроны — бактерия их не вырезает, поэтому используют кДНК или синтетический ген.
  • Промотор — бактериальная РНК-полимераза не узнаёт промоторы эукариот; ген ставят под бактериальный промотор, часто регулируемый (например, включаемый добавкой вещества в среду).
  • Начало трансляции — перед стартовым кодоном нужен участок связывания рибосомы бактерии (последовательность Шайна — Дальгарно).
  • Кодоны — редкие для бактерии кодоны замедляют синтез; их заменяют синонимичными.
  • Посттрансляционные изменения — бактерии не образуют многих дисульфидных мостиков и не присоединяют углеводные цепи. Белки, которым это нужно, получают в дрожжах или клетках млекопитающих (см. статью «Объекты биотехнологии»).

Небольшие белки бактерия быстро разрушает, поэтому их часто синтезируют как часть гибридного белка с крупным белком бактерии, а затем вырезают.

Пример: инсулин

Инсулин человека — белок из двух цепей: A (21 аминокислота) и B (30 аминокислот), связанных дисульфидными мостиками. В организме он образуется из длинного предшественника, проинсулина, из которого ферменты вырезают средний участок, C-пептид. Бактерия этого сделать не может.

Поэтому в 1978 году в компании Genentech поступили так (Goeddel и соавторы, 1979):

  1. химически синтезировали два гена — для цепи A и для цепи B (63 и 90 пар нуклеотидов кодирующей части), подобрав кодоны;
  2. каждый ген встроили в плазмиду вслед за геном бактериального фермента β-галактозидазы, отделив их кодоном метионина;
  3. две разные культуры кишечной палочки синтезировали гибридные белки; цепи A и B отрезали от них бромцианом, разрывающим цепь после метионина;
  4. цепи смешали и окислили — образовались дисульфидные мостики, и получился инсулин человека.

В 1982 году этот инсулин поступил в продажу. Позже стали синтезировать проинсулин и превращать его в инсулин ферментами, а также производить инсулин в дрожжах.

Хромосомная инженерия

Если генная инженерия работает с отдельными генами, то хромосомная инженерия — с целыми хромосомами и их крупными участками. Это получение полиплоидов, замещение или добавление хромосом одного вида в набор другого (например, перенос участка хромосомы ржи в пшеницу, давший устойчивость к болезням), получение гаплоидов и линий с изменённым числом хромосом. Хромосомную инженерию подробнее разберём в отдельной статье.

Безопасность

Возможность переносить гены между любыми организмами встревожила самих учёных. В 1974 году Пол Берг и коллеги призвали временно отказаться от рискованных опытов, а в 1975 году на конференции в Асиломаре (Калифорния) выработали правила: уровни защиты лабораторий в зависимости от риска и использование ослабленных штаммов бактерий, не способных жить вне лаборатории (Berg и соавторы, 1975). Эти правила легли в основу современного регулирования. Использование генно-инженерных организмов в сельском хозяйстве и медицине сейчас регулируется законами разных стран, и каждый продукт проходит отдельную оценку безопасности.

История

  1. 1970Г. Корана синтезирует химически первый ген — ген тРНК из 77 пар нуклеотидов
  2. 1970Х. Темин и Д. Балтимор открывают обратную транскриптазу
  3. 1970Х. Смит выделяет рестриктазу, режущую ДНК в определённом участке
  4. 1972П. Берг соединяет ДНК вируса SV40 и фага λ — первая рекомбинантная ДНК
  5. 1973С. Коэн и Г. Бойер вводят рекомбинантную плазмиду в кишечную палочку
  6. 1975Асиломарская конференция: правила безопасности работ с рекомбинантной ДНК
  7. 1977синтетический ген гормона соматостатина работает в бактерии
  8. 1979синтезированы гены цепей инсулина человека и получен инсулин в бактерии
  9. 1981фосфорамидитный метод: автоматический синтез олигонуклеотидов
  10. 2010бактерия с полностью синтетическим геномом
  11. 2016минимальный синтетический геном: 473 гена
  • инструменты
  • синтез генов и геномов
Как возникла генная инженерия.

Генная инженерия возникла из трёх открытий конца 1960-х — начала 1970-х годов: ферментов, режущих и сшивающих ДНК; фермента, переписывающего РНК в ДНК; и умения синтезировать ДНК химически. За три года, с 1970 по 1973-й, появились первый синтетический ген, первая рекомбинантная ДНК и первая бактерия с чужим геном. Через пять лет бактерии уже производили гормоны человека, а через сорок лет удалось синтезировать целый геном.

Удивительные факты

  • Пять лет на 77 пар. Первый синтетический ген Кораны собирали пять лет. Сейчас автомат синтезирует такой фрагмент за несколько часов, а гены длиной в тысячи пар заказывают по почте.
  • Водяные знаки в ДНК. В синтетический геном микоплазмы 2010 года вписали «водяные знаки» — закодированные нуклеотидами имена авторов, адрес электронной почты и цитаты.
  • Ген без интронов. Человеческий ген дистрофина занимает около 2,2 млн пар нуклеотидов, а его мРНК — около 14 тысяч: почти всё остальное — интроны.
  • Бактериальная защита стала инструментом. Рестриктазы, CRISPR-Cas9, обратная транскриптаза — все главные инструменты генной инженерии изначально служили бактериям и вирусам в их «войне» друг с другом.

Что писать на ЕГЭ

Опорные формулировки:

  • Генная инженерия — методы получения рекомбинантных ДНК и введения их в клетки для получения организмов с новыми свойствами.
  • Рекомбинантная ДНК — молекула ДНК, составленная из фрагментов ДНК разного происхождения.
  • Ген получают: выделением из ДНК с помощью рестриктаз; обратной транскрипцией с мРНК (кДНК без интронов); химическим синтезом.
  • Рестриктазы разрезают ДНК в определённых участках, образуя липкие концы; ДНК-лигаза сшивает фрагменты.
  • Вектор (плазмида, ДНК вируса) переносит ген в клетку и обеспечивает его копирование; в векторе есть ген-маркер (устойчивость к антибиотику).
  • Этапы: получение гена → встраивание в вектор (рестриктазы и лигаза) → введение в клетку → отбор клеток с рекомбинантной ДНК → размножение клона и получение продукта.
  • Примеры: инсулин, гормон роста, интерферон, вакцина против гепатита B, трансгенные растения.

Ловушки. 1) Рестриктазы разрезают ДНК, а лигаза сшивает — не наоборот. 2) Обратная транскриптаза синтезирует ДНК на РНК (а не РНК на ДНК); её источник — ретровирусы. 3) кДНК не содержит интронов, поэтому ген эукариот получают через мРНК. 4) Плазмида — кольцевая ДНК вне нуклеоида, а не часть хромосомы. 5) Ген устойчивости к антибиотику в векторе нужен для отбора клеток, а не для лечения. 6) Бактерии не вырезают интроны и не присоединяют к белкам углеводы. 7) Генная инженерия работает с отдельными генами, хромосомная — с хромосомами.

Для тренировки — тема 3.7 в тренажёре ЕГЭ по биологии.

Для олимпиад

Как часто встречается сайт рестрикции

Если нуклеотиды расположены случайно и все четыре встречаются одинаково часто, то конкретная последовательность длиной n встречается в среднем один раз на 4n пар нуклеотидов: сайт из 4 пар — раз на 256, из 6 пар — раз на 4096, из 8 пар — раз на 65 536. Реальные частоты отличаются: например, в ДНК фага λ (48 502 пары) сайтов EcoRI всего 5 вместо ожидаемых ~12, а в геномах многих бактерий сайты собственных рестриктаз редки — отбор их «вычищает».

Совместимые концы

Разные рестриктазы могут давать одинаковые липкие концы. BamHI режет G^GATCC, BglII — A^GATCT; оба оставляют концы GATC и могут быть сшиты друг с другом. Но получившийся гибридный сайт (GGATCT или AGATCC) уже не узнаёт ни один из этих ферментов — этим пользуются, чтобы вставка не вырезалась обратно.

Выход синтеза олигонуклеотидов

Если на каждом шаге присоединяется доля p цепей, то полной длины n достигнет доля pn−1 цепей. При p = 0,995 для 100-звенной цепи это около 61 %, для 200-звенной — около 37 %. Поэтому длинные гены собирают из коротких фрагментов, а не синтезируют целиком.

Обратная трансляция

Число последовательностей ДНК, кодирующих данный белок, равно произведению чисел кодонов для каждой аминокислоты. Для гормона соматостатина из 14 аминокислот (Ala-Gly-Cys-Lys-Asn-Phe-Phe-Trp-Lys-Thr-Phe-Thr-Ser-Cys) оно составляет 393 216 — и это без учёта стартового и стоп-кодонов.

Почему палиндромы. Многие рестриктазы работают как димеры из двух одинаковых субъединиц, каждая из которых узнаёт половину сайта и разрезает одну цепь. Симметричный белок естественно узнаёт симметричную (палиндромную) последовательность и режет обе цепи симметрично — отсюда липкие концы одинаковой длины.

Задания с разбором

Задания 1–9 — в формате ЕГЭ (с элементами ответа для заданий с развёрнутым ответом), 10–13 — олимпиадные.

Задание 1

Выберите три фермента, которые используют для конструирования рекомбинантной ДНК.

  1. рестриктаза
  2. амилаза
  3. ДНК-лигаза
  4. пепсин
  5. обратная транскриптаза
  6. каталаза
Разбор

Ответ: 135. Амилаза, пепсин и каталаза — ферменты обмена веществ, к работе с ДНК отношения не имеют.

Задание 2

Установите соответствие между инструментами генной инженерии и их функциями.

ИНСТРУМЕНТЫ: А) рестриктаза; Б) ДНК-лигаза; В) обратная транскриптаза; Г) плазмида; Д) ген устойчивости к антибиотику; Е) термостабильная ДНК-полимераза.

ФУНКЦИИ: 1) разрезание ДНК в определённом участке; 2) сшивание фрагментов ДНК; 3) синтез ДНК на матрице РНК; 4) перенос гена в клетку и его копирование; 5) отбор клеток, получивших вектор; 6) размножение гена в ПЦР.

Разбор

Ответ: 123456.

Задание 3

Установите последовательность этапов получения бактерии, синтезирующей белок человека.

  1. введение рекомбинантной плазмиды в клетки бактерий
  2. получение кДНК на матрице мРНК
  3. сшивание гена с плазмидой ДНК-лигазой
  4. отбор колоний на среде с антибиотиком
  5. разрезание плазмиды и гена одной рестриктазой
Разбор

Ответ: 25314.

Задание 4

Почему ген белка человека, вырезанный из хромосомы, обычно не может работать в клетке бактерии? Как обходят это препятствие?

Разбор

Элементы ответа: 1) гены эукариот содержат интроны, а бактерии не умеют их вырезать (у них нет сплайсинга), поэтому белок получится неверным; 2) промотор гена эукариот не узнаётся РНК-полимеразой бактерии; 3) используют кДНК, полученную обратной транскрипцией с мРНК (без интронов), или синтезированный химически ген; 4) ген ставят под бактериальный промотор в векторе.

Задание 5

Что такое липкие концы? Почему вектор и встраиваемый ген разрезают одной и той же рестриктазой?

Разбор

Элементы ответа: 1) липкие концы — короткие одноцепочечные участки на концах фрагментов ДНК, образующиеся, когда рестриктаза режет две цепи со сдвигом; 2) у фрагментов, разрезанных одной рестриктазой, липкие концы комплементарны; 3) поэтому концы гена и вектора спариваются, а лигаза сшивает их в одну молекулу — рекомбинантную ДНК.

Задание 6

Зачем в плазмиде-векторе ген устойчивости к антибиотику и как с его помощью отбирают нужные бактерии?

Разбор

Элементы ответа: 1) плазмиду поглощает лишь малая часть клеток; 2) бактерии после трансформации высевают на среду с антибиотиком; 3) выживают и образуют колонии только клетки, получившие плазмиду с геном устойчивости; 4) среди них клетки со встроенным геном отличают дополнительно (например, по белому цвету колоний при сине-белом отборе или по ПЦР).

Задание 7

Найдите три ошибки в приведённом тексте. Укажите номера предложений, в которых сделаны ошибки, исправьте их.

(1) Рекомбинантная ДНК состоит из фрагментов ДНК разного происхождения. (2) ДНК-лигаза разрезает ДНК в участках с определённой последовательностью нуклеотидов. (3) Обратная транскриптаза синтезирует РНК на матрице ДНК. (4) кДНК, полученная на матрице мРНК, не содержит интронов. (5) Плазмида — кольцевая молекула ДНК, входящая в состав хромосомы бактерии. (6) Для отбора клеток с вектором используют ген устойчивости к антибиотику.

Разбор

Элементы ответа: 1) в предложении 2: ДНК разрезают рестриктазы, а лигаза сшивает фрагменты; 2) в предложении 3: обратная транскриптаза синтезирует ДНК на матрице РНК; 3) в предложении 5: плазмида существует отдельно от хромосомы и копируется самостоятельно.

Задание 8

Почему в 1978 году инсулин человека получали, синтезируя отдельно гены цепей A и B, а не ген проинсулина?

Разбор

Элементы ответа: 1) в организме инсулин образуется из проинсулина, из которого ферменты вырезают C-пептид; бактерия этого сделать не может; 2) короткие гены цепей A (21 аминокислота) и B (30 аминокислот) было проще синтезировать химически технологиями того времени; 3) цепи синтезировали в разных культурах бактерий, отрезали от гибридного белка и соединили дисульфидными мостиками вне клетки.

Задание 9

Назовите не менее трёх преимуществ химического синтеза гена перед выделением гена из ДНК клетки.

Разбор

Элементы ответа: 1) в синтетическом гене нет интронов; 2) можно подобрать кодоны, которые эффективно читает организм-хозяин; 3) можно убрать или добавить сайты рестрикции, метки для очистки белка; 4) можно изменить последовательность (заменить аминокислоты); 5) не нужен исходный организм или его ткани.

Задание 10 (олимпиадное)

1) Как часто в среднем встречается в случайной ДНК сайт рестриктазы длиной 6 пар нуклеотидов? Длиной 4 пары? 2) На сколько фрагментов в среднем разрежет 6-нуклеотидная рестриктаза геном человека (3,1 · 109 пар нуклеотидов)? 3) В ДНК фага λ (48 502 пары) сайтов EcoRI всего 5. Сколько их ожидалось бы при случайном расположении нуклеотидов?

Разбор

1) 46 = 4096 пар; 44 = 256. 2) 3,1 · 109 / 4096 ≈ 757 000 фрагментов. 3) 48 502 / 4096 ≈ 11,8, то есть около 12; реальных сайтов меньше — нуклеотиды распределены не случайно.

Задание 11 (олимпиадное)

Соматостатин — пептид из 14 аминокислот: Ala-Gly-Cys-Lys-Asn-Phe-Phe-Trp-Lys-Thr-Phe-Thr-Ser-Cys. Число кодонов: Ala — 4, Gly — 4, Cys — 2, Lys — 2, Asn — 2, Phe — 2, Trp — 1, Thr — 4, Ser — 6. 1) Сколько разных последовательностей ДНК может кодировать этот пептид (без стартового и стоп-кодонов)? 2) Сколько — если добавить стартовый метионин (1 кодон) и стоп-кодон (3 варианта)? 3) Почему химику, синтезирующему ген, это обстоятельство полезно?

Разбор

1) 4 · 4 · 2 · 2 · 2 · 2 · 2 · 1 · 2 · 4 · 2 · 4 · 6 · 2 = 393 216. 2) · 1 · 3 = 1 179 648. 3) Можно выбрать кодоны, которые хорошо читает бактерия, и избежать нежелательных участков (сайтов рестрикции, повторов, шпилек мРНК).

Задание 12 (олимпиадное)

Синтез олигонуклеотидов идёт с эффективностью присоединения 99,5 % на шаг. 1) Какая доля цепей достигнет полной длины для 60-, 100- и 200-звенных олигонуклеотидов? 2) Почему ген длиной 1000 пар нуклеотидов не синтезируют одной цепью?

Разбор

1) 0,99559 ≈ 0,74; 0,99599 ≈ 0,61; 0,995199 ≈ 0,37. 2) Для 1000 звеньев 0,995999 ≈ 0,0067 — меньше 1 % цепей полной длины, к тому же среди них много с ошибками. Поэтому ген собирают из перекрывающихся коротких фрагментов и проверяют секвенированием.

Задание 13 (олимпиадное)

Рестриктаза BamHI режет G^GATCC, BglII — A^GATCT (знак ^ — место разреза верхней цепи; нижняя режется симметрично). 1) Какие липкие концы образуют эти ферменты? 2) Можно ли сшить фрагмент, вырезанный BglII, с плазмидой, разрезанной BamHI? 3) Какая последовательность получится в месте соединения и разрежет ли её какой-нибудь из двух ферментов?

Разбор

1) Оба оставляют выступающие 5′-концы GATC. 2) Да: концы комплементарны, лигаза их сшивает. 3) Получится GGATCT (или AGATCC с другой стороны) — гибридный сайт; ни BamHI (нужно GGATCC), ни BglII (нужно AGATCT) его не узнают. Вставка не вырежется обратно — это используют при клонировании.

Литература

  • ФИПИ. Кодификатор проверяемых требований к результатам освоения основной образовательной программы среднего общего образования и элементов содержания для проведения единого государственного экзамена по биологии, 2027 г.
  • Alberts B. et al. Molecular Biology of the Cell. 7th ed. W. W. Norton, 2022.
  • Glick B. R., Patten C. L. Molecular Biotechnology: Principles and Applications of Recombinant DNA. 6th ed. ASM Press, 2022.
  • Watson J. D., Caudy A. A., Myers R. M., Witkowski J. A. Recombinant DNA: Genes and Genomes — A Short Course. 3rd ed. W. H. Freeman, 2007.
  • Green M. R., Sambrook J. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 4th ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012.
  • Agarwal K. L. et al. Total synthesis of the gene for an alanine transfer ribonucleic acid from yeast // Nature. 1970. Vol. 227. P. 27–34.
  • Temin H. M., Mizutani S. RNA-dependent DNA polymerase in virions of Rous sarcoma virus // Nature. 1970. Vol. 226. P. 1211–1213.
  • Baltimore D. RNA-dependent DNA polymerase in virions of RNA tumour viruses // Nature. 1970. Vol. 226. P. 1209–1211.
  • Smith H. O., Wilcox K. W. A restriction enzyme from Hemophilus influenzae. I. Purification and general properties // Journal of Molecular Biology. 1970. Vol. 51. P. 379–391.
  • Mandel M., Higa A. Calcium-dependent bacteriophage DNA infection // Journal of Molecular Biology. 1970. Vol. 53. P. 159–162.
  • Cohen S. N., Chang A. C. Y., Hsu L. Nonchromosomal antibiotic resistance in bacteria: genetic transformation of Escherichia coli by R-factor DNA // PNAS. 1972. Vol. 69. P. 2110–2114.
  • Jackson D. A., Symons R. H., Berg P. Biochemical method for inserting new genetic information into DNA of simian virus 40 // PNAS. 1972. Vol. 69. P. 2904–2909.
  • Cohen S. N., Chang A. C. Y., Boyer H. W., Helling R. B. Construction of biologically functional bacterial plasmids in vitro // PNAS. 1973. Vol. 70. P. 3240–3244.
  • Berg P., Baltimore D., Brenner S., Roblin R. O., Singer M. F. Summary statement of the Asilomar conference on recombinant DNA molecules // PNAS. 1975. Vol. 72. P. 1981–1984.
  • Bolivar F. et al. Construction and characterization of new cloning vehicles. II. A multipurpose cloning system // Gene. 1977. Vol. 2. P. 95–113.
  • Itakura K. et al. Expression in Escherichia coli of a chemically synthesized gene for the hormone somatostatin // Science. 1977. Vol. 198. P. 1056–1063.
  • Goeddel D. V. et al. Expression in Escherichia coli of chemically synthesized genes for human insulin // PNAS. 1979. Vol. 76. P. 106–110.
  • Beaucage S. L., Caruthers M. H. Deoxynucleoside phosphoramidites — a new class of key intermediates for deoxypolynucleotide synthesis // Tetrahedron Letters. 1981. Vol. 22. P. 1859–1862.
  • Yanisch-Perron C., Vieira J., Messing J. Improved M13 phage cloning vectors and host strains: nucleotide sequences of the M13mp18 and pUC19 vectors // Gene. 1985. Vol. 33. P. 103–119.
  • Gibson D. G. et al. Enzymatic assembly of DNA molecules up to several hundred kilobases // Nature Methods. 2009. Vol. 6. P. 343–345.
  • Gibson D. G. et al. Creation of a bacterial cell controlled by a chemically synthesized genome // Science. 2010. Vol. 329. P. 52–56.
  • Hutchison C. A. et al. Design and synthesis of a minimal bacterial genome // Science. 2016. Vol. 351. aad6253.
  • Kosuri S., Church G. M. Large-scale de novo DNA synthesis: technologies and applications // Nature Methods. 2014. Vol. 11. P. 499–507.

Обсуждение

Загружаем обсуждение…

Читайте также

Все статьи

Пробный урок — бесплатно

Собеседование и тестирование помогут понять уровень и подобрать программу.

Записаться на пробный урок